Tại Kết luận thanh tra, Thanh tra Thành phố đã chỉ ra một số tồn tại, hạn chế như:
- Việc giám sát, sử dụng các nhà thầu phụ tham gia thực hiện tại Dự án đầu tư xây dựng Tuyến đường sắt đô thị thí điểm thành phố Hà Nội đoạn Nhổn - ga Hà Nội (Gói thầu CP-01, CP-02):
Tại thời điểm điều chỉnh giá gói thầu CP01 và gói thầu PC02, Chủ đầu tư chưa thực hiện việc lập dự toán điều chỉnh theo phương pháp bù trừ trực tiếp, hệ số điều chỉnh hoặc phương pháp điều chỉnh bằng chỉ số giá xây dựng theo quy định tại Khoản 2, Khoản 3 Điều 11, Nghị định số 112/2009/NĐ-CP ngày 14/12/2009 của Chính phủ về quản lý chi phí đầu tư xây dựng; Khoản 3, Điều 36 Nghị định số 48/2010/NĐ-CP ngày 07/5/2010 của Chính phủ về hợp đồng trong hoạt động xây dựng và Khoản 1, Điều 7 Thông tư số 08/2010/TT-BXD ngày 29/7/2010 của Bộ Xây dựng hướng dẫn phương pháp điều chỉnh giá hợp đồng xây dựng “khi điều chỉnh giá hợp đồng theo công thức (1) thì cơ sở dữ liệu đầu vào để tính toán điều chỉnh giá phải phù hợp với nội dung công việc trong hợp đồng” dẫn tới việc thanh toán, quyết toán gói thầu CP01, CP02 chưa chính xác.
- Việc ký hợp đồng với nhà thầu khi chưa GPMB theo đúng tiến độ, chưa xác định được kế hoạch bàn giao mặt bằng, di chuyển chướng ngại vật nhưng không thương thảo để điều chỉnh kế hoạch bàn giao mặt bằng (Gói thầu CP-01, CP-02, CP - 03):
Về tiến độ thời gian GPMB còn chậm. UBND quận Đống Đa ban hành thông báo thu hồi đất năm 2012 và bàn giao mặt bằng (Ga S10, 11) từ năm 2016 - 2022 mới xong (việc chậm chủ yếu ở giai đoạn 2016 - 2020);UBND quận Hoàn Kiếm ban hành thông báo thu hồi đất năm 2013 và bàn giao mặt bằng (Ga S12) từ năm 2017 - 2019 mới xong; UBND quận Ba Đình ban hành thông báo thu hồi đất năm 2013 và bàn giao mặt bằng (Ga S9) từ năm 2016 - 2022 mới xong, là chưa thực hiện đúng về thời gian theo quy định tại Điều 67, Điều 68, Điều 69 , Điều 70, Điều 93 Luật Đất Đai năm 2013; Khoản 2, Điều 108 Luật Xây Dựng số 50/2014/QH132: “Thời hạn GPMB xây dựng phải đáp ứng yêu cầu tiến độ thực hiện dự án đã được phê duyệt hoặc quyết định của người có thẩm quyền”; chưa thực hiện đúng tiến độ GPMB theo chỉ đạo của UBND Thành phố Hà Nội.
Công tác di chuyển công trình hạ tầng kỹ thuật của Dự án vẫn chưa thực hiện xong dẫn đến Dự án tuyến đường sắt thí điểm thành phố Hà Nội, đoạn Nhổn - Ga Hà Nội bị kéo dài.
Qua đó Thanh tra Thành phố đã kiến nghị UBND Thành phố:
- Giao Sở Nội vụ xem xét trách nhiệm của các tổ chức và cá nhân để xảy ra các tồn tại nêu tại phần kết luận tham mưu UBND Thành phố xử lý theo quy định.
- Chỉ đạo Ban quản lý đường sắt đô thị Hà Nội:
+ Tổ chức kiểm tra rà soát lại các đơn giá áp dụng trong việc lập, thẩm định phê duyệt dự toán ban đầu đối với gói thầu số CP01, CP02 làm căn cứ để thực hiện việc điều chỉnh giá theo quy định đối với nhà thầu thực hiện gói thầu CP01 và gói thầu CP02, trên cơ sở kiểm tra, rà soát làm căn cứ để thanh toán, quyết toán với đơn vị thực hiện gói thầu CP01 và gói thầu CP02 được nêu tại phần 2 Kết luận.
+ Khẩn trương thực hiện di chuyển các công trình hạ tầng kỹ thuật để bàn giao mặt bằng cho nhà thầu thực hiện Dự án.