Theo Quyết định, Trung tâm Phục vụ hành chính công thành phố Hà Nội (Trung tâm) là tổ chức hành chính thuộc UBND Thành phố (cơ quan ngang sở), có chức năng tham mưu, giúp UBND Thành phố quản lý nhà nước về: kiểm soát thủ tục hành chính, cải cách thủ tục hành chính, tổ chức triển khai thực hiện cơ chế một cửa, một cửa liên thông trong giải quyết thủ tục hành chính thuộc thẩm quyền của địa phương; là đầu mối tổ chức cung cấp thông tin, hướng dẫn, hỗ trợ, tiếp nhận, số hóa, phối hợp giải quyết, giải quyết (đối với một số thủ tục hành chính được ủy quyền), trả kết quả giải quyết thủ tục hành chính; tham mưu, tổ chức triển khai các nhiệm vụ ứng dụng công nghệ thông tin, chuyển đổi số phục vụ người dân, doanh nghiệp theo chỉ đạo của UBND Thành phố, Chủ tịch UBND Thành phố.
Trung tâm có tư cách pháp nhân, có con dấu và tài khoản riêng; chấp hành sự chỉ đạo, quản lý về tổ chức, biên chế và công tác của UBND Thành phố; chịu sự chỉ đạo trực tiếp và toàn diện của Chủ tịch UBND Thành phố; đồng thời, chấp hành sự chỉ đạo, hướng dẫn, kiểm tra về chuyên môn, nghiệp vụ của Văn phòng Chính phủ.
Trung tâm thực hiện 17 nhóm nhiệm vụ; cơ cấu tổ chức gồm có Giám đốc và các Phó Giám đốc và 04 phòng chuyên môn, 12 chi nhánh, 02 đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Trung tâm.
Biên chế công chức, số lượng người làm việc trong các cơ quan, đơn vị thuộc Trung tâm Phục vụ hành chính công Thành phố được giao trên cơ sở vị trí việc làm, gắn với chức năng nhiệm vụ, phạm vi hoạt động và nằm trong tổng biên chế công chức, số lượng người làm việc trong các cơ quan tổ chức hành chính, đơn vị sự nghiệp công lập của Thành phố được cấp có thẩm quyền giao hoặc phê duyệt.