Sở Nông nghiệp và Môi trường có trụ sở chính tại số 38 Tô Hiệu, phường Hà Đông, là cơ quan chuyên môn thuộc UBND Thành phố, thực hiện chức năng tham mưu, giúp UBND Thành phố quản lý nhà nước về: nông nghiệp; lâm nghiệp; diêm nghiệp; thủy sản; thủy lợi; phòng, chống thiên tai; giảm nghèo; phát triển nông thôn; đất đai; tài nguyên nước; tài nguyên khoáng sản, địa chất; môi trường; khí tượng thủy văn; biến đổi khí hậu; đo đạc và bản đồ; quản lý tổng hợp tài nguyên và bảo vệ môi trường; viễn thám; quản lý nhà nước các dịch vụ công trong các lĩnh vực thuộc phạm vi quản lý theo quy định của pháp luật.
Sở có tư cách pháp nhân, có con dấu, tài khoản riêng theo quy định của pháp luật; chịu sự chỉ đạo, quản lý của UBND Thành phố, đồng thời chịu sự chỉ đạo, hướng dẫn, kiểm tra về chuyên môn, nghiệp vụ của Bộ Nông nghiệp và Môi trường.
Sở có Giám đốc và các Phó Giám đốc, thực hiện 39 nhóm nhiệm vụ với 13 phòng chuyên môn, nghiệp vụ: Văn phòng; Phòng Tổ chức cán bộ; Phòng Kế hoạch - Tài chính; Phòng Kiểm tra Nông nghiệp và môi trường; Phòng Chính sách nông nghiệp và môi trường; Phòng Chất lượng và phát triển thị trườngPhòng Phát triển nông thôn; Phòng Quy hoạch - Kế hoạch sử dụng đất; Phòng Kinh tế đất; Phòng Thống kê đất đai và đo đạc bản đồ; Phòng Quản lý môi trường; Phòng Quản lý chất thải rắn; Phòng Khoáng sản và tài nguyên nước.
Ngoài ra, Sở có 04 Chi cục: Chi cục Chăn nuôi, Thủy sản và Thú y Hà Nội; Chi cục Trồng trọt và Bảo vệ thực vật Hà Nội; Chi cục Thủy lợi và phòng, chống thiên tai Hà Nội; Chi cục Kiểm lâm Hà Nội. Có 9 đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc: Trung tâm Khuyến nông Hà Nội; Trung tâm Phân tích và chứng nhận chất lượng sản phẩm nông nghiệp Hà Nội; Trung tâm Cứu hộ động vật hoang dã Hà Nội; Trung tâm Kỹ thuật nông nghiệp và môi trường Hà Nội; Trung tâm Công nghệ thông tin và chuyển đổi số nông nghiệp và môi trường Hà Nội; Trung tâm Dịch vụ nông nghiệp Hà Nội;
Biên chế công chức, số lượng người làm việc trong đơn vị sự nghiệp công lập của Sở được giao trên cơ sở vị trí việc làm, gắn với chức năng, nhiệm vụ, phạm vi hoạt động và nằm trong tổng biên chế công chức, biên chế sự nghiệp trong các cơ quan, tổ chức hành chính, đơn vị sự nghiệp công lập của Thành phố được cấp có thẩm quyền giao hoặc phê duyệt.
Căn cứ chức năng, nhiệm vụ, cơ cấu tổ chức và danh mục vị trí việc làm, cơ cấu ngạch công chức, cơ cấu chức danh nghề nghiệp viên chức được cấp có thẩm quyền phê duyệt, hàng năm Sở Nông nghiệp và Môi trường xây dựng kế hoạch biên chế công chức, số lượng người làm việc trong các tổ chức hành chính, đơn vị sự nghiệp công lập thuộc Sở trình Ủy ban nhân dân Thành phố để trình cấp có thẩm quyền xem xét, quyết định theo quy định của pháp luật.
Quyết định này có hiệu lực kể từ ngày 06/10/2025 và thay thế Quyết định số 16/2025/QĐ-UBND ngày 28/02/2025 của UBND Thành phố.