Theo mục tiêu đề ra, đến năm 2015, TP Hà Nội phấn đấu 40 - 45% số xã (khoảng 200 xã) đạt tiêu chí nông thôn mới. Đây là nhiệm vụ khá lớn, bởi tiêu chí đề ra, làm sao xây dựng thành công nông thôn mới có kết cấu hạ tầng kinh tế, xã hội từng bước hiện đại; cơ cấu kinh tế và các hình thức tổ chức sản xuất hợp lý, gắn nông nghiệp với phát triển nhanh công nghiệp, dịch vụ; gắn phát triển nông thôn với đô thị theo qui hoạch; xã hội hóa nông thôn dân chủ, ổn định, giàu bản sắc văn hóa dân tộc; môi trường sinh thái được bảo vệ; an ninh trật tự được giữ vững; đời sống vật chất và tinh thần của người dân ngày càng được nâng cao; theo định hướng xã hội chủ nghĩa... Báo cáo của Ban Chỉ đạo Nông thôn mới TP cho thấy, đến thời điểm này, 19/19 huyện, thị xã đã có quyết định thành lập ban chỉ đạo, tổ công tác giúp việc, phân công cán bộ lập và triển khai đề án nông thôn mới. Các huyện như: Từ Liêm, Mê Linh, Phú Xuyên, Thanh Trì… đã thành lập Hội đồng thẩm định đề án xây dựng nông thôn mới góp ý kiến vào đề án của các xã.
Tuy nhiên, tiến độ triển khai chương trình còn chậm so với mục tiêu kế hoạch đề ra. Lý do kể cả cấp huyện và xã đưa ra do: Trong quý I-2011 phải tập trung chỉ đạo các nhiệm vụ trọng tâm như: dồn sức cho sản xuất nông nghiệp, phòng chống rét vật nuôi… Một số lại viện lý do thiếu vốn để thực hiện đề án, không những vậy còn cho rằng cấp trên chưa hỗ trợ kịp thời. Cũng có xã, đề án nông thôn mới được phê duyệt 3 đến 4 tháng, kế hoạch cũng đã thông qua, nhưng chưa triển khai... Khó khăn lớn nhất cần tháo gỡ hiện nay là nguồn kinh phí huy động từ nội lực địa phương. Hầu hết các huyện đều trông chờ vào nguồn đấu giá quyền sử dụng đất, nhưng để đấu giá đất xen kẹt các địa phương phải trải qua nhiều thủ tục hành chính rườm rà. Theo Ban Chỉ đạo Nông thôn mới TP, đối với 19 xã điểm phải lo nguồn thu ngân sách xã là 749 tỷ, bình quân 42 tỷ đồng/xã, huy động đóng góp tự nguyện của dân là 413 tỷ đồng, bình quân 23 tỷ/xã, huy động đầu tư của các doanh nghiệp, hợp tác xã, tổ chức kinh tế là 531 tỷ, bình quân 29,5 tỷ đồng/xã. Thực tế tại 19 xã điểm, nguồn thu ngân sách xã chưa đáp ứng đủ nhiệm vụ chi ngân sách. Như vậy, nguồn thu hiệu quả nhất từ đấu giá quyền sử dụng các loại: đất công, đất công ích thuộc xã quản lý; đất xen kẹt trong khu dân cư, đất chuyên dùng, đất thùng đào thùng đấu, đất hoang hóa và dự kiến cấp đất giãn dân quy hoạch khu dân cư mới…
Dự kiến, từ nay đến 2015, TP thu hồi diện tích đất xen kẹt, đất đấu giá là 1.105.923 m2, trong đó: đất xen kẹt là 926.213 m2, đất dự kiến đấu giá là 179.710 m2, qua đó, dự kiến thu được 1.734,2 tỷ đồng (bình quân 91 tỷ/xã). Nếu các xã tổ chức thu bảo đảm kế hoạch thì nguồn vốn đầu tư phần ngân sách xã (749 tỷ đồng) sẽ còn dư kinh phí để xây dựng nông thôn mới do 15/19 xã đủ và còn dư vốn. Thế nhưng, đến nay đã hơn một năm chỉ đạo triển khai các xã điểm xây dựng nông thôn mới việc kiểm kê, rà soát đất đai để xử lý vi phạm và tổ chức đấu giá gặp rất nhiều vướng mắc, khó khăn về thủ tục hồ sơ và thẩm quyền quyết định thu hồi đất. Một lý do khó khăn nữa là kinh phí thực hiện đền bù hoa màu, giải phóng mặt bằng và việc xác định đất xen kẹt, đất đấu giá phải nằm ngoài chỉ giới đường đỏ. Khó khăn hơn do là việc lập thủ tục hồ sơ và quy trình tổ chức đấu giá quyền sử dụng đất rườm rà, quá phức tạp, hồ sơ trình duyệt đấu giá chậm được giải quyết, nhiều xã lúng túng trong việc lập hồ sơ thu hồi đất và tổ chức đấu giá đất, do chưa được hướng dẫn cụ thể…
Phó Chủ tịch UBND TP Trịnh Duy Hùng cho rằng, xây dựng nông thôn mới là vấn đề khó khăn, lâu dài, không thể làm trong trong một sớm một chiều, cũng không chỉ dừng lại ở xây dựng cơ sở hạ tầng... Nhiều ý kiến từ cơ sở và các ngành có liên quan cũng mạnh dạn đề xuất, để huy động có hiệu quả nguồn thu tiền sử dụng đất, trước hết với diện tích đất xen kẹt trong khu dân cư không nên xem xét chỉ giới đường đỏ và cho phép xã ra quyết định thu hồi đất sau khi có ý kiến thỏa thuận bằng văn bản của phòng Tài nguyên và Môi trường cấp huyện, thị xã. Đồng hành với công việc này, các sở, ngành có văn bản hướng dẫn cụ thể về thủ tục hồ sơ thực hiện thu hồi đất và quy trình tổ chức đấu giá đất; cải cách hơn nữa thủ tục hành chính trong việc tổ chức đấu giá đất xen kẹt tạo nguồn vốn xây dựng nông thôn mới... Cũng có ý kiến cho rằng, xây dựng nông thôn mới việc nào dễ nên làm trước, vừa làm vừa rút kinh nghiệm. Nhiều ý kiến cho rằng nên khuyến khích nơi nào làm tốt, nơi sắp đạt, nơi mà cán bộ nhân dân đoàn kết đồng thuận có điều kiện về đích trước nên cho ưu tiên đầu tư xây dựng nông thôn mới trước, qua đó chúng ta sẽ có mô hình tốt để các xã học tập noi theo. Để làm tốt được việc này, cấp ủy đảng, chính quyền phải thường xuyên kiểm tra kết quả thực hiện nông thôn mới để kịp thời tháo gỡ khó khăn đẩy nhanh tiến độ chương trình nông thôn mới.