Đại hội đại biểu toàn quốc lần thứ III của Đảng họp tại Thủ đô Hà Nội từ ngày 5 đến 10/9/1960. Tham dự Đại hội có 525 đại biểu chính thức, 51 đại biểu dự khuyết thay mặt cho hơn 50 vạn đảng viên cả nước.
Khai mạc Đại hội, Chủ tịch Hồ Chí Minh đã khẳng định quyết tâm thống nhất đất nước của toàn Đảng, toàn dân: “Ngày nào mà chưa đuổi được đế quốc Mỹ ra khỏi miền Nam nước ta, chưa giải phóng được miền Nam khỏi ách thống trị tàn bạo của Mỹ - Diệm, thì nhân dân ta vẫn chưa thể ăn ngon, ngủ yên”.
Đại hội đã nghe Báo cáo chính trị của Ban Chấp hành Trung ương Đảng do đồng chí Lê Duẩn trình bày; Báo cáo về sửa đổi Điều lệ Đảng do đồng chí Lê Đức Thọ trình bày; Báo cáo về phương hướng và nhiệm vụ Kế hoạch 5 năm lần thứ nhất do đồng chí Nguyễn Duy Trinh trình bày và nhiều tham luận khác. Đại hội nhất trí thông qua nhiệm vụ và phương hướng của Kế hoạch 5 năm lần thứ nhất (1961-1965), thông qua Điều lệ sửa đổi của Đảng.
Đại hội đại biểu toàn quốc lần thứ III của Đảng đã quyết định đường lối chung của thời kỳ quá độ lên chủ nghĩa xã hội ở miền Bắc và đường lối đấu tranh thực hiện hòa bình thống nhất nước nhà. Đại hội quyết định đường lối tổ chức để tăng cường sức chiến đấu và sự lãnh đạo của Đảng trong giai đoạn mới của cách mạng.
Phát biểu bế mạc Đại hội, Chủ tịch Hồ Chí Minh nêu rõ: “Trước mắt chúng ta còn nhiều khó khăn. Nhưng chúng ta nhất định vượt qua mọi khó khăn. Vì chúng ta có chủ nghĩa Mác - Lênin vĩ đại dẫn đường. Vì chúng ta có cả phe xã hội chủ nghĩa hùng mạnh đứng đầu là Liên Xô vĩ đại, có hơn 80 đảng anh em với hơn 35 triệu đồng chí đoàn kết một lòng, có cả lực lượng dân tộc độc lập và hòa bình dân chủ thế giới to lớn giúp đỡ và ủng hộ chúng ta. Vì toàn thể cán bộ đảng viên ta đoàn kết chặt chẽ quyết tâm biến Nghị quyết Đại hội thành ý chí của toàn dân để giành thắng lợi mới”.
Thay mặt Đại hội, Chủ tịch Hồ Chí Minh kêu gọi đồng bào cả nước hăng hái tiến lên, ai nấy đều cố gắng để trở thành những người lao động tiên tiến, những chiến sĩ tiên tiến. Người khẳng định: “Mười lăm năm trước đây, chỉ có 5.000 đảng viên và trong những điều kiện cực kỳ khó khăn mà Đảng ta đã lãnh đạo Cách mạng Tháng Tám đến thắng lợi. Ngày nay, Đảng ta có hơn 50 vạn đồng chí, lại có những điều kiện rất thuận lợi cho nên Đảng nhất định lãnh đạo cách mạng xã hội chủ nghĩa đến thành công, đấu tranh thực hiện thống nhất nước nhà đến thắng lợi”.
Đại hội đã bầu Ban Chấp hành Trung ương Đảng gồm 47 ủy viên chính thức và 31 ủy viên dự khuyết. Ban Chấp hành Trung ương bầu Bộ Chính trị gồm 11 ủy viên chính thức và 2 ủy viên dự khuyết. Đồng chí Hồ Chí Minh được bầu lại làm Chủ tịch Đảng và đồng chí Lê Duẩn được bầu làm Bí thư Thứ nhất Ban Chấp hành Trung ương Đảng.