Trong công nghiệp sinh học trong nông, lâm, ngư nghiệp, các cơ quan, đơn vị, tổ chức, cá nhân trên địa bàn thành phố tập trung phát triển công nghiệp sản xuất giống, các chế phẩm chăm sóc, bảo vệ cây trồng, vật nuôi và chế biến nông, lâm, thủy sản. Qua đó, bước đầu đã hình thành một số hướng sản xuất quy mô lớn, mang tính công nghiệp như sản xuất giống lúa, ngô, rau, hoa chất lượng cao; sản xuất nấm ăn và nấm dược liệu. Tiêu biểu như: Công ty cổ phần Tập đoàn giống cây trồng Việt Nam VINASEED sản xuất giống lúa, ngô hàng hóa nguyên chủng, siêu nguyên chủng, giống lai F1; bình quân hằng năm cung cấp khoảng 30.000 tấn giống (chiếm 17% thị phần cả nước). Hợp tác xã Đan Hoài ứng dụng công nghệ cao trong sản xuất hoa tại huyện Đan Phượng. Công ty TNHH Xuất nhập khẩu Kinoko Thanh Cao đầu tư dây chuyền sản xuất, đóng gói nấm kim châm tại huyện Mỹ Đức với số vốn 70 tỷ đồng. Ông Nguyễn Xuân Đại, Phó Giám đốc Sở NN&PTNT Hà Nội, một số dự án sản xuất giống lúa, nấm, hoa lan Hồ Điệp trên địa bàn thành phố đang mở ra triển vọng tốt.
Trong công nghiệp sinh học y - dược, theo Sở Y tế Hà Nội, trên địa bàn thành phố tập trung sản xuất vắc xin, chế phẩm chẩn đoán, thuốc chữa bệnh và kháng sinh. Đáng chú ý, một số doanh nghiệp đã tham gia các chương trình quốc gia do Bộ Khoa học và Công nghệ chủ trì như: Chương trình đổi mới công nghệ quốc gia, Chương trình quốc gia phát triển công nghệ cao, Chương trình hỗ trợ phát triển doanh nghiệp khoa học và công nghệ…, đã tạo ra một số công nghệ, sản phẩm, mô hình sản xuất quy mô công nghiệp có hiệu quả, thúc đẩy hình thành và phát triển doanh nghiệp công nghệ sinh học…
Về công nghiệp sinh học hóa chất và sinh học thực phẩm, trên địa bàn thành phố tập trung sản xuất axit amin, axit hữu cơ, enzyme công nghiệp, enzyme thực phẩm, phụ gia thực phẩm, thực phẩm lên men, đồ uống, sản phẩm từ sữa… Một số sản phẩm của các doanh nghiệp hoạt động trong lĩnh vực này đã đạt tiêu chuẩn xuất khẩu hoặc được công nhận là sản phẩm công nghiệp chủ lực. Đơn cử như sản phẩm của Công ty cổ phần Rượu Hà Nội; Công ty TNHH một thành viên Bia rượu Eresson; Tổng công ty cổ phần Bia - Rượu - Nước giải khát Hà Nội; Công ty cổ phần Thực phẩm Minh Dương; Công ty cổ phần Sữa Hà Nội; Công ty cổ phần Sữa Ba Vì…
Còn việc ứng dụng công nghệ sinh học trong xử lý môi trường cũng được nhiều doanh nghiệp trên địa bàn thành phố chú trọng quan tâm. Ông Lê Tuấn Định, Phó Giám đốc Sở Tài Nguyên và Môi trường Hà Nội cho biết, hầu hết các doanh nghiệp thuộc các ngành chế biến thực phẩm, dược phẩm, giết mổ gia súc, gia cầm đều đầu tư xây dựng hệ thống xử lý nước thải có kết hợp vi sinh vật bằng nguồn vốn của doanh nghiệp. Một số doanh nghiệp chăn nuôi tận dụng phân gia súc, gia cầm để sản xuất phân bón hữu cơ, phân bón vi sinh phục vụ nông nghiệp an toàn, bền vững.