Theo Quyết định, Trung tâm Dịch vụ nông nghiệp Hà Nội (Trung tâm) là đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Sở Nông nghiệp và Môi trường; có tư cách pháp nhân và có con dấu riêng; được mở tài khoản tại Kho bạc Nhà nước và Ngân hàng theo quy định hiện hành của pháp luật. Trung tâm có chức năng cung ứng dịch vụ về trồng trọt, bảo vệ và kiểm dịch thực vật, chăn nuôi, thú y, thủy sản; thực hiện tư vấn dịch vụ về nông nghiệp; thực hiện việc trưng bày, giới thiệu, quảng bá, xúc tiến thương mại các sản phẩm nông, lâm, thủy sản và đặc sản vùng miền, sản phẩm làng nghề, sản phẩm OCOP và chịu sự quản lý, chỉ đạo trực tiếp, toàn diện của Sở Nông nghiệp và Môi trường về tổ chức, biên chế và hoạt động, đồng thời chịu sự hướng dẫn, kiểm tra, giám sát về chuyên môn, nghiệp vụ của cơ quan chuyên môn thuộc Sở Nông nghiệp và Môi trường và các cơ quan có thẩm quyền.
Cơ cấu tổ chức Trung tâm gồm 01 Giám đốc và Không quá 02 Phó Giám đốc; 04 phòng chuyên môn; 18 Trạm dịch vụ trực thuộc tại các huyện/thị xã: Sóc Sơn, Mê Linh, Đông Anh, Ba Vì, Sơn Tây, Phúc Thọ, Thạch Thất, Quốc Oai, Hoài Đức, Đan Phượng, Chương Mỹ, Gia Lâm, Thanh Trì, Thanh Oai, Thường Tín, Mỹ Đức, Ứng Hòa, Phú Xuyên. Năm 2025, biên chế được giao là nguyên trạng số biên chế giao cho 18 Trung tâm Dịch vụ nông nghiệp cấp huyện. Biên chế được giao đến thời điểm hiện tại là 535 biên chế bao gồm 524 viên chức hưởng lương từ ngân sách, 11 hợp đồng lao động theo Nghị định số 111/NĐ-CP.
Trung tâm thực hiện 19 nhóm nhiệm vụ như: Dự báo dịch bệnh, đề xuất biện pháp phòng chống trên cây trồng và vật nuôi; tổ chức trưng bày, quảng bá, xúc tiến thương mại nông sản; hướng dẫn kỹ thuật sản xuất, giám sát vùng trồng, xuất khẩu; tư vấn, tập huấn chuyên môn, chuyển giao công nghệ; quản lý điều kiện sản xuất, cơ sở an toàn thực phẩm, cấp mã số vùng trồng; tham gia khảo nghiệm, công nhận giống mới; kết hợp sản xuất nông nghiệp với du lịch, làng nghề; phối hợp trong công tác thiên tai, dịch bệnh, khôi phục sản xuất; quản lý tài chính, tài sản, nhân sự theo phân cấp của Thành phố.