Theo Quyết định, Trung tâm Đào tạo và Chuyển giao công nghệ Y tế Hà Nội (Trung tâm) là đơn vị sự nghiệp công lập thuộc Sở Y tế thành phố Hà Nội. Trung tâm có tư cách pháp nhân, có trụ sở, có con dấu và tài khoản riêng, được mở tài khoản tại Kho bạc Nhà nước và Ngân hàng theo quy định của pháp luật. Trung tâm chịu sự chỉ đạo, quản lý của Sở Y tế .
Trung tâm có chức năng tổ chức thực hiện các hoạt động đào tạo, bồi dưỡng, nghiên cứu khoa học, chuyển giao công nghệ, chuyển đổi số và hợp tác quốc tế trong lĩnh vực y học, dân số, trẻ em và bảo trợ xã hội nhằm nâng cao trình độ chuyên môn nghiệp vụ cho công chức, viên chức, người lao động, nhân viên y tế trong phạm vi thành phố Hà Nội và các tập thể, cá nhân có nhu cầu theo quy định của pháp luật.
Để thực hiện 12 nhóm nhiệm vụ, Trung tâm có Giám đốc và các Phó Giám đốc, cùng 04 phòng chuyên môn, nghiệp vụ: Văn phòng, Phòng Quản lý Đào tạo và Bồi dưỡng, Phòng Chuyển giao Công nghệ và Chuyển đổi số, Phòng Nghiên cứu khoa học và Hợp tác quốc tế. Số lượng Phó Giám đốc theo quy định hiện hành. Các phòng chuyên môn, nghiệp vụ có Trưởng phòng và Phó Trưởng phòng.
Số lượng người làm việc (biên chế viên chức) của Trung tâm đảm bảo số lượng tối thiểu theo quy định và được xác định trên cơ sở vị trí việc làm, gắn với chức năng, nhiệm vụ, cơ cấu tổ chức, phạm vi hoạt động và nằm trong tổng biên chế sự nghiệp của Sở Y tế được UBND Thành phố giao hằng năm.
Trung tâm thực hiện cơ chế tài chính theo quy định tại Nghị định số 60/2021/NĐ-CP ngày 21/6/2021 của Chính phủ và các văn bản quy định hiện hành. Giai đoạn năm 2026-2027 Trung tâm tự đảm bảo một phần chi thường xuyên, từ năm 2028 trở đi Trung tâm tự chủ toàn bộ chi thường xuyên đảm bảo theo quy định. Quyết định này có hiệu lực kể từ ngày ký.