Theo đó, Thanh tra Thành phố là cơ quan chuyên môn thuộc UBND thành phố, có chức năng tham mưu, giúp UBND Thành phố thực hiện quản lý nhà nước và tổ chức thực hiện các nhiệm vụ về thanh tra, tiếp công dân, giải quyết khiếu nại, tố cáo và phòng, chống tham nhũng, lãng phí, tiêu cực trên địa bàn Thủ đô. Thanh tra thành phố có tư cách pháp nhân, con dấu và tài khoản riêng; chịu sự chỉ đạo, điều hành trực tiếp của Chủ tịch UBND Thành phố, đồng thời chịu sự hướng dẫn về nghiệp vụ của Thanh tra Chính phủ.
Cơ cấu tổ chức của Thanh tra Thành phố bao gồm Chánh Thanh tra, Phó Chánh Thanh tra và 11 phòng chuyên môn, được tổ chức theo các lĩnh vực chuyên biệt như: thanh tra đất đai, xây dựng, tài chính, nông nghiệp - môi trường, nội chính, công thương - khoa học công nghệ, văn hóa - xã hội... Biên chế công chức của Thanh tra thành phố Hà Nội được giao trên cơ sở vị trí việc làm, gắn với chức năng, nhiệm vụ, phạm vi hoạt động và nằm trong tổng biên chế công chức của Thành phố được cấp có thẩm quyền giao hoặc phê duyệt. Đồng thời, căn cứ vào chức năng, nhiệm vụ, cơ cấu tổ chức và danh mục vị trí việc làm, cơ cấu ngạch công chức được cấp có thẩm quyền phê duyệt hàng năm, Thanh tra thành phố Hà Nội xây dựng kế hoạch biên chế công chức.
Ngoài ra, Quyết định cũng quy định rõ 16 nhóm nhiệm vụ và quyền hạn của Thanh tra Thành phố, cụ thể như: công tác thanh tra , tiếp công dân giải quyết khiếu nại, tố cáo phòng, chống tham nhũng, lãng phí, tiêu cực Tổ chức nghiên cứu, ứng dụng tiến bộ khoa học, kỹ thuật...