Tam quan chùa Kim Kiên ở phường Nghi Tàm quận Tây Hồ được xây dưới thời Trịnh (Ảnh: Tư liệu)
Năm 1599, Trịnh Tùng tự lập làm Đô nguyên soái, Tổng quốc chính, Thương phụ, Bình An vương. Uy quyền ngày một cao. Vua Lê Thế Tông bất đắc dĩ sai Hoàng Đình Ái đem sách thư tiến phong Trịnh Tùng làm Bình An vương, ban thêm cho ngọc toàn, tiết mao và hoàng việt (ba thứ này đều tượng trưng đặc quyền của vua chúa thời Phong kiến). Trịnh Tùng được mở phủ Chúa, đặt quan thuộc. Từ đấy, chính sự quyền bính đều do phủ Chúa tự quyết đoán, mọi việc từ của cải, thuế khóa, quân lính đến dân chúng đều hết thảy về phủ Chúa.
Cũng từ đấy, triều đình vua Lê phải đặt dưới quyền điều khiển của họ Trịnh và phủ Chúa mới thực sự là trung tâm của bộ máy nhà nước Phong kiến. Hệ thống tổ chức chính quyền lúc ban đầu đại khái vẫn dựa theo quan chế thời Hồng Đức, có thay đổi ít nhiều cho thích hợp với tình thế mới.
PHỦ CHÚA TRỊNH: Đứng đầu phủ Chúa cũng là đứng đầu chính quyền trung ương có chức Tham tụng và Bồi tụng, do Trịnh Tùng đặt ra từ năm 1600. Hai chức này tức là chức Tể tướng thời trước, nhưng khác trước ở chỗ chức Tham tụng và Bồi tụng không có một phẩm tước nhất định, mà do chúa Trịnh tự ý lựa chọn những người thân tín sung vào Giữ chức Tham tụng, Bồi tụng có thể là những viên Thượng thư các bộ (Bộ trưởng), có thể là viên Thị lang (Thứ trưởng) hay Đô cấp sự trung (đứng đầu Đô sát viện). Nhiệm vụ của chức Tham tụng, Bồi tụng là trực tiếp giúp Chúa bàn định mọi việc quốc chính ở vương phủ.
Lúc đầu, phủ Chúa Trịnh ở về phía Nam hồ Hoàn Kiếm. Về sau, được xây dựng tiếp thêm nhiều cung điện lớn, tới 52 tòa, phát triển dần sang phía Đông và Đông Nam, cho tới tận sát bờ sông Hồng. Cùng với các cung điện là các hồ cảnh, nguyệt đài, thủy tạ, chuồng voi, chuồng ngựa, kỳ đài, bãi hội quân và duyệt quân (Diễn va trường). Các điện đường của nhà Quốc Tử Giám (1662) cũng được sửa sang lại và khánh thành Võ học sở ở gần sông Hồng (khoảng năm 1723) (Lê Quý Đôn: Kiến văn tiểu lục, Sđd, tr. l05). Chúa Trịnh còn sai trưng mua các loại gỗ quý trong nhân dân để dùng vào việc xây cất các doanh trại, cho xây dựng lâu Ngũ Long cao 300 thước (khoảng 120 mét ?) Ở ven hồ Hoàn Kiếm...
TRIỀU ĐÌNH VUA LÊ: Ngoài một ông vua Lê, phần nhiều được đặt lên ngai vàng khi còn rất nhỏ tuổi (Lê Thế Tông (1573-1600) lên ngôi lúc mới có 7 tuổi ; Lê Kính Tông (1600- 1619):12 tuổi; Lê ThầnTông (1619-1643) và (1649-1662):12 tuổi ; Lê Chân Tông(1643-1649): 13 tuổi; Lê Huyền Tông (1 663-1671): 9 tuổi; Lê Gia Tông (1672-1675): 11 tuổi . Đó là các ông vua Lê kế tiếp nhau ở ngôi liên tục từ năm 1573 đến năm 1675, hơn một thế kỷ !), triều đình vẫn có danh hiệu Lục bộ Thượng thư và Ngự sử đài nhưng lúc ban đầu số Thượng thư chiếu đầy đủ.
Năm 1664, Trịnh Tạc mới lập đủ Thượng thư 6 bộ: Lại – Hộ - Lễ - Binh - Hình - Công. Trong đó, Tham tụng Phạm Công Trứ kiêm Thượng thư bộ Lại, Bồi tụng Trần Đăng Tuyển kiêm Thượng thư bộ Hộ. Những viên Thượng thư sáu bộ này tuy chức vị thuộc triều đình nhưng đều là người của chúa Trịnh cử lên làm việc dưới quyền chỉ huy của phủ Chúa.
Năm 1675, Trịnh Tạc quy định rõ công việc và quyền hạn của sáu bộ, nhưng chỉ là hữu danh vô thực.
Trên Lục bộ vẫn còn có những chức Đại tư đồ, Đại tư mã, Đại tư không, Tam thái (Thái sư - Thái phó - Thái bảo), Tam thiếu (Thiếu sư - Thiếu phó - Thiếu bảo) là những chức danh dự, phong thêm cho quan văn võ có công lớn.
Như vậy, đứng về tổ chức bên ngoài mà xét thì chính quyền trung ương trong thời này có vẻ như có hai tổ chức là Triều đình và phủ Chúa. Nhưng thực chất hai tổ chức ấy đều thống nhất làm một, và tập trung quyền chỉ huy về phủ Chúa. Ngay từ năm 1599, Trịnh Tùng quy định một chế độ bổng lộc cho vua không lấy gì làm rộng rãi lắm: hằng năm được thu thuế 1.000 xã gọi là lộc Thượng tiến “quân lính túc trực và hộ vệ thì trong nội điện có 5.000 lính, 7 thớt voi và 20 chiếc thuyền rồng. Nhà vua chỉ chĩnh chện mặc áo long bào, cầm hốt ngọc nhận lễ triều yết mà thôi” (Cương mục, tập 11, Sđd, tr. 222). “Và họ Trịnh đời đời lập phong tước vương là bắt đầu từ Tùng” (Cương mục, tập 11, Sđd, tr. 222).
Bán đảo Ngũ Xã nơi thời Lê, các phường đúc đồng từ trấn Kinh Bắc và Hải Đông được tập trung về để đúc tiền cho triều đình (Ảnh: Phương Anh)
Từ năm 1718, Trịnh Cương lại đặt thêm Lục phiên (tương đương với Lục bộ) là: Lại – Hộ - Lễ - Binh - Hình - Công, bên phủ Chúa, để rút hết quyền hành của Lục bộ bên Triều đình.
Ngoài ra, ở Thăng Long lúc này còn thường xuyên có một đạo quân đồn trú gồm khoảng 5 vạn người, với một chuồng voi lớn chừng 150 đến 200 con, các kho chứa thuốc súng, vũ khí và các cỗ đại bác bên cạnh bãi duyệt quân.
Đối với vua Lê, chúa Trịnh tự ý phế lập nhằm đưa lên ngôi báu những ông vua trẻ con dễ bảo hay những ông vua nhu nhược cam tâm đóng vai trò bù nhìn. Nhiều vua Lê đã bị ám hại chỉ vì muốn làm vua thực sự mưu chống lại sự chuyên quyền của họ Trịnh. Trong số, 16 vua được lập lên trong thời Lê Trung hưng thì 3 vua đã bị giết hại vì tay họ Trịnh và 5 vua là những trẻ con chưa đến tuổi trưởng thành.
Vua Lê hoàn toàn là một cương vị hư danh, không có thực quyền. Ngay cả một số nghi thức triều yết tối thiểu có tính chất hình thức cũng dần dần bị chúa Trịnh hủy bỏ hay xâm phạm.
Từ Trịnh Tạc (1657-1682) trở đi, các chúa Trịnh vào triều yết không quỳ lạy không xưng tên, và tự tiện ngồi ngay bên trái chỗ “ngự tọa”, ngang hàng với nhà vua. Trước kia hàng tháng vào ngày sóc (mùng 1), vọng (ngày rằm), chúa Trịnh và các quan lại trong triều phải đến chầu vua ở điện Vạn Thọ, nhưng dần dần về sau chúa Trịnh cũng bỏ nghi lễ ấy. Triều đình vua Lê ngày càng vắng vẻ và chỉ là chỗ an nghỉ hay đúng hơn là chỗ giam cầm nhà vua, không còn là cơ quan đầu não của bộ máy nhà nước phong kiến như trước kia nữa.