Theo đó, đã có 22 giống cây trồng đặc sản được trồng lâu đời trên địa bàn thành phố đã trở thành thương hiệu nổi tiếng trên thị trường để đề xuất danh mục nguồn gen cây đặc sản của Hà Nội. Mục đích nhằm bảo tồn và phát triển những giống cây trồng quý, đem lại hiệu quả kinh tế cao, tăng nhanh diện tích, sản lượng để trở thành sản phẩm chủ lực của ngành Nông nghiệp Hà Nội. Cụ thể, nhóm cây ăn quả có 12 giống: Bưởi Diễn; bưởi đường Quế Dương; bưởi đỏ Mê Linh; bưởi Tháng 10; quýt đường Canh; phật thủ Đắc Sở; ổi Đông Dư; nhãn chín muộn Hà Nội; mơ Hương Tích; khế Bắc Biên; mít na Sơn Đà; hồng xiêm Xuân Đỉnh.
Nhóm cây rau có 7 giống, gồm: Húng Láng; rau sắng chùa Hương; rau muống Linh Chiểu; khoai tây Thường Tín; cải bẹ dưa Đông Dư; cải mơ Hà Nội; cải mào gà Hoài Đức. Còn nhóm hoa, cây cảnh có 3 giống, gồm: Đào Nhật Tân; địa lan kiếm; sen Tây Hồ.
Về bảo tồn, phát triển một số giống cây trồng đặc sản, các cơ quan chuyên môn của thành phố đã đánh giá một số giống địa lan quý, truyền thống của Hà Nội. Cụ thể, đã điều tra, thu thập tài liệu và nghiên cứu 15 giống địa lan kiếm tại các vườn lan của các nhà vườn ở Hà Nội. Đây là những loài địa lan kiếm được thuần hóa và nuôi dưỡng từ rất lâu đời. Tiến hành tư liệu hóa các giống và đăng ký thành công marker phân tử nhận dạng cho 7 giống địa lan kiếm của Hà Nội trên ngân hàng gen thế giới (NCBI); xây dựng hướng dẫn kỹ thuật cho 4 giống địa lan kiếm gồm: Trần Mộng, Thanh Trường, Mặc Biên, Hoàng Điểm.
Trong 2 năm (2013-2014), trên địa bàn thành phố cũng đã thực hiện bảo tồn tại chỗ 200m2 cây húng Láng (tại phường Láng thượng, quận Đống đa); bảo tồn chuyển vị (ex-situ) 200m2 nguồn gen cây húng Láng tại ngân hàng gen cây trồng của Bộ NN&PTNT; xác định dấu chuẩn phân tử đặc trưng cho giống húng Láng Hà Nội phục vụ cho công tác bảo tồn, khai thác sử dụng và đã đăng ký bản quyền ở ngân hàng gen thế giới. Bên cạnh đó, nghiên cứu đề xuất một số giải pháp kỹ thuật để xây dựng quy trình trồng và chăm sóc húng Láng; xây dựng một số mô hình mở rộng sản xuất húng Láng tại huyện Thường Tín và Ba Vì với quy mô 1.500m2.
Tương tự, năm 2015, thành phố Hà Nội thực hiện nghiên cứu bảo tồn và phát triển nguồn gen sen Tây Hồ. Kết quả đã thu thập kiến thức bản địa về sản xuất sen Tây Hồ; bảo tồn chuyển vị nguồn gen cây sen Tây Hồ tại ngân hàng gen cây trồng của Bộ NN&PTNT với quy mô 500m2; đánh giá và tư liệu hóa một số đặc tính sinh học nguồn gen cây sen Tây Hồ; xây dựng quy trình nhân giống và canh tác sen Tây Hồ; đánh giá đa dạng sinh học nguồn gen cây sen; xác định dấu chuẩn phân tử đặc trưng cho giống sen Tây Hồ và đăng ký tại ngân hàng gen thế giới.
Đáng chú ý, đến tháng 8/2018, tổng số các cây được Hội đồng bình tuyển công nhận là cây đầu dòng trên địa bàn thành phố là 246 cây. Trong đó: 113 cây có múi (Quýt đường Canh; bưởi Đường; bưởi Diễn và các loại bưởi, cam khác); các loại cây khác là 133 cây, gồm nhãn, ổi, mít, hồng. Đối với vườn cây đầu dòng được công nhận là 2 vườn, trong đó: Vườn cây đầu dòng nhãn chín muộn có 148 cây; vườn cây đầu dòng bưởi Diễn có 149 cây.
