Qua kiểm tra cho thấy, điều kiện sản xuất kinh doanh được Công ty TNHH Cấp nước Gia Khánh thực hiện đầy đủ, đã xây dựng phương án sản xuất kinh doanh và phương án giá nước nhưng chưa trình cơ quan thẩm quyền phê duyệt. Ngoài ra, đã thực hiện công tác vệ sinh đảm bảo an toàn cấp nước trong hệ thống trạm đầu mối; xây dựng quy trình sản xuất nước. Tuy nhiên, công ty chưa thực hiện ghi nhật ký vận hành của các công đoạn trong hệ thống sản xuất. Công ty cũng đã thực hiện việc kiểm tra chất lượng nước nhưng chưa đầy đủ theo quy định tại Thông tư số 50/TT-BYT ngày 11/12/2015 của Bộ Y tế về việc quy định việc kiểm tra vệ sinh, chất lượng nước ăn uống, nước sinh hoạt. Theo báo cáo, năm 2016, Công ty TNHH Cấp nước Gia Khánh lỗ 462 triệu đồng, do vậy chưa hoàn trả được phần kinh phí được hỗ trợ đầu tư cho dự án theo quy định.

Trước thực trạng trên, Trung tâm Nước sinh hoạt và Vệ sinh môi trường nông thôn kiến nghị Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn yêu câu Công ty TNHH Cấp nước Gia Khánh thực hiện công tác nội kiểm theo Thông tư số 50/TT-BYT ngày 11/12/2015 của Bộ Y tế về việc quy định việc kiểm tra vệ sinh, chất lượng nước ăn uống, nước sinh hoạt, xây dựng phương án giá bán nước trình cấp thẩm quyền phê duyệt. Thực hiện việc trích khấu hao giá trị tài sản theo quy định hiện hành. Khẩn trương hoàn trả kinh phí nhà nước đã hỗ trợ theo Quyết định số 4861/QĐ-UBND ngày 25/9/2015 của UBND thành phố về việc phê duyệt hỗ trợ vốn sau đầu tư dự án cải tạo, nâng cấp trạm cấp nước Gia Khánh. Báo cáo định kỳ các cấp có thẩm quyền theo quy định tại Thông tư số 54/TT-BTC, Thông tư số 50/TT-BYT và các quy định khác có liên quan.