Năm 2016, Hội đồng giáo dục quốc phòng và an ninh huyện và các xã, thị trấn đã mở 89 lớp bồi dưỡng cho đối tượng 3,4 và đối tượng 4 mở rộng. Huyện đã tổ chức 2 lớp bồi dưỡng kiến thức quốc phòng cho đối tượng là các chức sắc, chức việc tôn giáo.  Năm học 2016-2017, toàn huyện có trên 8.200 em học sinh, sinh viên hoàn thành chương trình giáo dục quốc phòng và an ninh. Hội đồng Giáo dục quốc phòng an ninh huyện đã tổ chức cuộc thi tìm hiểu kiến thức quốc phòng an ninh lần thứ 3 năm 2016 đạt được kết quả tốt, góp phần từng bước thay đổi nhận thức của học sinh, sinh viên đối với công tác quốc phòng và an ninh. Với những kết quả đã đạt được, năm 2016, cán bộ và nhân dân huyện Phú Xuyên đã được nhận Bằng khen của Chủ tịch UBND thành phố về công tác Giáo dục quốc phòng và an ninh. Trong công tác phòng không nhân dân huyện đã hoàn thành nội dung như công tác tác chiến phòng không, công tác xây dựng lực lượng phòng không, công tác luyện tập và diễn tập ở cơ quan quân sự các xã, thị trấn.