Theo tính toán, với tổng số khoảng 5.440 bệnh viện, cơ sở y tế, khám chữa bệnh trên địa bàn thành phố phát sinh khoảng 7.343 m3 nước thải/ngày đêm. Trong đó, 18/22 Bệnh viện trực thuộc Bộ Y tế; 7/14 bệnh viện trực thuộc bộ, ngành đã đầu tư xây dựng hệ thống xử lý nước thải; 37/41 bệnh viện thuộc thành phố đã xây dựng hệ thống xử lý nước thải theo dự án đầu tư được duyệt; 4/41 bệnh viện đang hoàn thiện dự án đầu tư xây dựng hệ thống xử lý nước thải y tế; 29/29 bệnh viện tư nhân ngoài công lập có hệ thống xử lý nước thải; 52 phòng khám đa khoa thuộc các trung tâm y tế quận, huyện, thị xã đã có hệ thống xử lý nước thải theo công nghệ HA-18B (D) của Nhật Bản. Các trạm y tế và các phòng khám, cơ sở dịch vụ y tế tư đang được sử dụng phương pháp xử lý hoá chất khử trùng bằng Cloramin B trước khi thải vào hệ thống thoát nước chung của thành phố, đạt tỷ lệ 100%.
Để đảm bảo thoát nước thải nói chung và nước thải y tế nói viên, UBND thành phố đã chỉ đạo Sở Xây dựng triển khai thực hiện kế hoạch thoát nước mùa mưa hằng năm. Tăng cường kiểm tra, nạo vét và làm sạch các miệng xả, hậu cống, ga hàm ếch để tăng cường khả năng tiêu thoát nước; quản lý kiểm tra khoảng 196.230km cống rãnh, nạo vét ít nhất 1 lần/ga/tháng, các khu vực trọng điểm nạo vét từ 2 đến 3 lần/ga/tháng với hỗ trợ của thiết bị cơ giới.
Ngoài ra, thành phố chỉ đạo tập trung thi công một số công trình chống úng ngập cục bộ; bảo trì, bảo dưỡng các thiết bị máy móc, trạm bơm phục vụ thoát nước chống úng ngập; chú trọng thực hiện các biện pháp bảo đảm an toàn cho người và phương tiện trên các tuyến đường, cạnh các tuyến mương sông thoát nước; tổ chức nạo vét các tuyến sông đảm bảo khả năng đưa nước nhanh nhất về trạm bơm Yên Sở; kiểm soát và khống chế mực nước trên hệ thống cống, kênh, mương và hồ điều hoà để bảo đảm khả năng thoát nước và tiêu úng nhanh nhất; duy tu, bảo dưỡng thiết bị đảm bảo hoạt động 100% công suất của trạm bơm đầu mối Yên Sở, hồ điều hoà Yên Sở... Quản lý và vận hành an toàn các nhà máy xử lý nước thải đô thị: Yên Sở, Kim Liên, Trúc Bạch, Bắc Thăng Long - Vân Trì và Công viên thống nhất (Hồ Bảy Mẫu).
