Theo quyết định, điều chỉnh cơ cấu tổng mức đầu tư dự án nạo vét, cải tạo lòng dẫn sông Đáy thành phố Hà Nội giai đoạn 1 được phê duyệt điều chỉnh tại Khoản 1 Điều 1 Quyết định số 3463/QĐ-SNN ngày 28/12/2012 của Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn. Cụ thể, dự án có tổng mức đầu tư hơn 349,038 tỷ đồng, trong đó, chi phí xây dựng giảm hơn 38,4 triệu đồng, chi phí giải phóng mặt bằng tăng hơn 27,3 triệu đồng, chi phí quản lý dự án giảm hơn 235 nghìn đồng, chi phí tư vấn đầu tư xây dựng hơn 4,7 triệu đồng, chi phí khác giảm gần 555 nghìn đồng, dự phòng tăng gần 7,2 triệu đồng.

Theo Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, lý do điều chỉnh do thay đổi chế độ chính sách về tiền lương; thay đổi giá nguyên, nhiên, vật liệu; thiết bị; áp dụng bộ đơn giá xây dựng cơ bản mới của thành phố; do điều chỉnh, bổ sung thiết kế bản vẽ thi công một số hạng mục công trình cho phù hợp với công tác quản lý vận hành sau đầu tư; điều chỉnh cơ cấu tổng mức đầu tư làm cơ sở để thực hiện nghiệm thu thanh toán và quyết toán các nội dung công việc thuộc giai đoạn 1 của dự án nạo vét, cải tạo lòng dẫn sông Đáy, thành phố Hà Nội.