Theo Điều lệ, cơ cấu tổ chức của HVCF gồm: Đại hội Nhà đầu tư; Hội đồng quản lý Quỹ; Công ty quản lý quỹ. Thành lập Quỹ đầu tư mạo hiểm có yếu tố nhà nước tại Hà Nội nhằm xây dựng một công cụ tài chính hiệu quả, hỗ trợ doanh nghiệp khởi nghiệp đổi mới sáng tạo, ươm tạo công nghệ cao, công nghệ chiến lược và chuyển đổi số giúp doanh nghiệp vượt qua giai đoạn đầu khó khăn, thúc đẩy hệ sinh thái khởi nghiệp sáng tạo phát triển mạnh mẽ, góp phần hiện thực hóa Chiến lược phát triển kinh tế tri thức và đổi mới sáng tạo của Thủ đô.
HVCF có thời hạn hoạt động 10 năm kể từ ngày UBND Thành phố phê duyệt quyết định thành lập. Sau 05 năm đầu, Công ty quản lý Quỹ đánh giá sơ kết kết quả thực hiện đề án, 10 năm đánh giá tổng kết thí điểm thành lập Quỹ báo cáo Hội đồng quản lý Quỹ và Đại hội Nhà đầu tư. Thời gian sơ kết, tổng kết đánh giá trước thời hạn kết thúc tối thiểu 90 ngày. Trên cơ sở đánh giá tổng kết thí điểm thành lập HVCF, người đại diện phần vốn nhà nước tại HVCF báo cáo UBND Thành phố trình HĐND Thành phố quyết định tiếp tục hay chấm dứt hoạt động của Quỹ.
HVCF hoạt động theo nguyên tắc thị trường theo mô hình hợp tác công tư dựa trên hợp đồng, phát huy vai trò dẫn dắt, tạo động lực của đầu tư công kết hợp với khuyến khích, phát huy các nguồn vốn từ khu vực tư nhân, khu vực đầu tư nước ngoài, các nhà tài trợ và tổ chức quốc tế, chấp nhận khả năng rủi ro, bảo đảm công khai, minh bạch, hiệu quả, chống thất thoát, lãng phí vốn. Quỹ được quyền thực hiện các hoạt động đầu tư mạo hiểm theo các hình thức mà pháp luật không cấm.
Căn cứ lĩnh vực đầu tư của HVCF quy định tại Điều 4 Điều lệ này và danh mục nhiệm vụ khoa học và công nghệ trọng điểm của Thủ đô, Hội đồng quản lý Quỹ quyết định danh mục đầu tư của HVCF theo từng giai đoạn. Hình thức đầu tư: Trực tiếp đầu tư, cùng đầu tư với quỹ đầu tư khởi nghiệp sáng tạo, các quỹ đầu tư mạo hiểm khác vào các doanh nghiệp theo hình thức mua cổ phần hoặc vốn góp của doanh nghiệp. Mức đầu tư đối với Dự án khởi nghiệp: Tỷ lệ góp vốn vào mỗi doanh nghiệp không quá 5% tổng nguồn vốn của HVCF. Trường hợp góp vốn vượt quá tỷ lệ vốn góp 5% do Đại hội Nhà đầu tư quyết định. Giới hạn đầu tư vào các giai đoạn phát triển khác nhau của doanh nghiệp khởi nghiệp sáng tạo được quy định tại Hợp đồng hợp tác đầu tư kinh doanh. Các điều kiện về quyền và nghĩa vụ của HVCF được quy định tại các thỏa thuận đầu tư.