Theo đó, lĩnh vực trên được giao cho 1 vị trí kiêm nhiệm phụ trách các công tác giao thông, thủy lợi ở cấp xã. Mặt khác, theo quy định tại Pháp lệnh Khai thác và Bảo vệ công trình thủy lợi, công tác quản lý thủy lợi cơ sở (cấp xã) hiện do các tổ chức hợp tác dùng nước thực hiện. Hiện nay, trên địa bàn thành phố có 961 tổ chức hợp tác dùng nước hoạt động theo mô hình hợp tác xã dịch vụ nông nghiệp tổng hợp và 1 tổ chức là hợp tác xã dịch vụ điện.

Từ năm 2009 - 2016, các hợp tác xã dịch vụ nông nghiệp tổng hợp của các quận, huyện, thị xã làm nhiệm vụ quản lý, khai thác và bảo vệ các công trình thủy lợi có quy mô vừa và nhỏ. Các công trình từ cống đầu kênh cấp 3 tới mặt ruộng với tổng số 1.479 trạm bơm, 13.135 kênh nội đồng dài 10.938,40km, 75 hồ chứa, 112 bai, đập dâng đảm nhận tưới tiêu chủ động cho khoảng 66.500ha và 100.000ha diện tích tạo nguồn và bán chủ động. Tuy nhiên, từ 1/1/2017, toàn bộ công trình thủy lợi của các địa phương đã được bàn giao về thành phố quản lý.

Trong các năm qua, kinh phí hoạt động của các tổ chức hợp tác xã dịch vụ nông nghiệp tổng hợp rất hạn chế, chủ yếu là kinh phí thủy lợi phí được cấp bù (từ năm 2008 - 2017) và phí dịch vụ thủy lợi nội đồng. Ngoài ra, một số hợp tác xã nông nghiệp còn có nguồn thu từ dịch vụ cung ứng giống, hóa chất bảo vệ thực vật. Với nguồn kinh phí hạn hẹp nhưng các hợp tác xã dịch vụ nông nghiệp tổng hợp đã góp phần rất lớn trong công tác quản lý vận hành công trình đảm bảo tưới tiêu nước phục vụ sản xuất nông nghiệp của các địa phương trên địa bàn thành phố.