Huyện Gia Lâm có sông Hồng và sông Đuống chảy qua với 3 tuyến đê cấp I (tả Đuống, hữu Đuống và tả Hồng) có tổng chiều dài 28.440m, đi qua địa bàn của 16/22 xã, thị trấn của huyện nên tình trạng vi phạm pháp luật về đê điều vẫn diễn biến phức tạp. Bên cạnh đó, công tác quản lý trật tự xây dựng tại một số địa phương chưa được chặt chẽ, việc ngăn chặn, xử lý, giải tỏa các vi phạm chưa được triển khai quyết liệt dẫn đến tỷ lệ vi phạm được xử lý thấp, vi phạm còn tồn đọng nhiều. Tính đến tháng 6/2018, trên địa bàn huyện có 21 trường hợp vi phạm pháp luật về đê điều, trong đó: Đã xử lý 6 vụ, còn tồn tại 15 vụ (8 vụ yêu cầu hoàn thiện các thủ tục cấp phép, 7 vụ cần xử lý).

Về công trình thủy lợi, tổng số trường hợp vi phạm trên địa bàn huyện là 349 trường hợp, trong đó: Vi phạm về đăng chắn nuôi trồng thủy sản 11 trường hợp; vi phạm về xây dựng lấn chiếm lòng, bờ kênh 338 trường hợp chủ yếu là xây dựng nhà cấp 4, dựng xưởng sản xuất hoặc kho chứa, làm lán, công trình phụ, trồng cây, xây tường rào, chôn cọc bê tông rào kẽm gai. Mức độ vi phạm thường là trên bờ kênh và hành lang bảo vệ kênh, một số vi phạm có dấu hiệu lấn chiếm lòng kênh gây cản trở dòng chảy. Nhiều trường hợp vi phạm từ trước những năm 2000; giai đoạn này Pháp lệnh Khai thác và Bảo vệ công trình thủy lợi chưa có nên dẫn đến tại các địa phương công tác quản lý đất đai, cấp sổ đỏ có nhiều điểm chưa phù hợp với Pháp lệnh Khai thác và Bảo vệ công trình thủy lợi ban hành năm 2001.

Trên cơ sở các văn bản chỉ đạo của UBND thành phố, Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, UBND huyện Gia Lâm đã có nhiều văn bản chỉ đạo xử lý các trường hợp vi phạm pháp luật về đê điều, công trình thủy lợi trên địa bàn huyện. Đơn cử, việc đôn đốc xử lý vi phạm về bãi để xe tại khu Thùng Hậu, xã Phù Đổng; xử lý đăng chắn nuôi trồng thủy sản đảm bảo việc tiêu thoát nước trước mùa mưa bão năm 2018...