Thành phố hiện có 454 chợ, trong đó, có 02 chợ đầu mối. Sở Công thương đã thường xuyên chỉ đạo kiểm tra, đôn đốc các đơn vị quản lý chợ đẩy mạnh công tác tuyên truyền, hướng dẫn, hỗ trợ thực hiện xác nhận kiến thức an toàn vệ sinh thực phẩm đối với các hộ kinh doanh thực phẩm trong chợ theo quy định. Đồng thời, tăng cường đảm bảo vệ sinh môi trường; phối hợp với cơ quan chức năng kiểm soát nguồn gốc, xuất xứ, chất lượng hàng hóa kinh doanh tại chợ đặc biệt trong các giai đoạn cao điểm xảy ra các dịch bệnh như: dịch Tả lợn Châu Phi, Cúm gia cầm,... hỗ trợ các thiết bị cho các hộ kinh doanh (nếu có) đảm bảo quy định về ATTP.
Sở cũng tích cực đôn đốc UBND quận, huyện, thị xã chỉ đạo lực lượng chức năng địa phương thực hiện tổ chức giải tỏa chợ cóc, quản lý sắp xếp các chợ tạm trên địa bàn. Đến thời điểm hiện tại, qua tổng hợp báo cáo của UBND các quận, huyện, thị xã, trên địa bàn Thành phố còn tồn tại 67 chợ cóc.
Bên cạnh đó, công tác kiểm soát các lò giết mổ gia súc, gia cầm được đẩy mạnh. Thành phố đang quản lý 6 cơ sở giết mổ gia súc gia cầm công nghiệp, 23 cơ sở giết mổ gia súc gia cầm bán công nghiệp, 937 điểm giết mổ nhỏ, lẻ thủ công. Kiểm tra 9.485 lượt cơ sở, xử lý 704 trường hợp vi phạm (cảnh cáo 235 trường hợp, tiêu hủy 99 trường hợp, phạt tiền 370 trường hợp với số tiền hơn 793 triệu đồng). Buộc phải tiêu hủy sản phẩm không đảm bảo ATTP, lợn nhiễm dịch tả lợn Châu Phi.
Đáng chú ý, công tác quản lý và kiểm soát dịch vụ ăn uống, thức ăn đường phố được tăng cường. Cùng với tiếp tục triển khai ATTP tại 30 tuyến phố văn minh và nhân rộng thêm 30 tuyến phố văn minh trên địa bàn 30 quận, huyện, thị xã, Thành phố cũng triển khai thí điểm mô hình kiểm soát ATTP bữa cỗ tập trung đông người tại 15 quận huyện, thị xã; xây dựng 14 tuyến phố ATTP có kiểm soát và mô hình nâng cao năng lực tự quản lý ATTP cho 10 trường học, phát 2.500 quyển Tài liệu hướng dẫn quản lý ATTP bếp ăn tập thể trường học. Tổ chức đoàn kiểm tra liên ngành Y tế - Giáo dục kiếm tra giám sát công tác bảo đảm ATTP, sữa học đường tại bếp ăn tập thể trường học của 12 quận huyện.
