Theo Quyết định số 1259/QĐ-TTg, ngày 24-5-2011, Thủ tướng Chính phủ về việc phê duyệt Quy hoạch chung xây dựng Thủ đô Hà Nội đến năm 2030 tầm nhìn 2050 tỷ lệ 1/25.000, 85% đất tự nhiên của huyện Đông Anh được xác định là vùng đô thị trung tâm mở rộng, có tính văn hiến, văn minh, hiện đại, đô thị kiểu mẫu phía Bắc sông Hồng; là trung tâm tài chính, văn hóa lớn của Hà Nội và cả nước. Trên cơ sở quy hoạch chung Thủ đô, UBND Thành phổ đã tổ chức lập quy hoạch phân khu đô thị trên địa bàn huyện Đông Anh. Từ năm 2012-2015, UBND Thành phố đã phê duyệt 12/15 đồ án quy hoạch phân khu đô thị lớn trên địa bàn, nhiều đồ án quy hoạch xây dựng tỷ lệ 1/500 đã được phê duyệt, góp phần quan trọng tạo cơ sở cho sự phát triển kinh tế - xã hội của Huyện. Cùng với đó, UBND huyện Đông Anh lập và được UBND Thành phố phê duyệt quy hoạch chi tiết làng sinh thái - đô thị - du lịch Liên Hà, quy hoạch chi tiết khu vực trung tâm xã Thụy Lâm; quy hoạch điểm dân cư nông thôn xã Vân Hà; quy hoạch chi tiết khu đô thị mới Kim Chung, quy hoạch chi tiết khu nhà ở cho công nhân khu công nghiệp Kim Chung, quy hoạch chi tiết  xây dựng khu du lịch sinh thái Đông Anh tại xã Vân Nội, xã Nam Hồng, quy hoạch chi tiết dự án Trung tâm giao lưu hàng hóa, khu công viên cây xanh và hồ điều hòa tại huyện Đông Anh,... Ngoài ra, huyện đã tổ chức hoàn thành lập, phê duyệt xong Quy hoạch xây dựng nông thôn mới của 23/23 xã (tỷ lệ 1/5.000) góp phần thúc đẩy phát triển kinh tế nông thôn trên địa bàn và được Thủ tướng Chính phủ công nhận là huyện nông thôn mới giai đoạn 2011-2015.

Trên cơ sở các quy hoạch đã được phê duyệt, huyện Đông Anh đã tập trung từ công tác lãnh đạo, chỉ đạo đến triển khai thực hiện. Tuy nhiên, trong quá trình thực hiện còn gặp những khó khăn vướng mắc nhất định. Trong đó, về cơ sở pháp lý, Luật số 35/2018/QH18 về Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của 37 luật có liên quan đến quy hoạch số 35/2018/QH18 có hiệu lực từ ngày 01-01-2019 trong đó, bãi bỏ cấp phép quy hoạch. Tuy nhiên, đến nay, vẫn chưa có văn bản hướng dẫn thực hiện việc bãi bỏ cấp phép quy hoạch nên việc triển khai còn gặp khó khăn.

Ngoài ra, do còn 03 đồ án Quy hoạch phân khu đô thị trên địa bàn chưa được phê duyệt (GN-A, R sông Hồng, R sông Đuống) nên việc lập, thẩm định, phê duyệt, thực hiện, điều chỉnh quy hoạch đô thị, cung cấp thông tin quy hoạch, chỉ giới đường đỏ cho các dự án, đồ án tại khu vực này đang gặp khó khăn. Các công trình xây dựng tại nông thôn (không thuộc khu bảo tồn, khu di tích lịch sử văn hóa) trong các khu vực đã có quy hoạch xây dựng chi tiết tỷ lệ 1/500 như: Khu trung tâm xã, khu vực 2 bên tuyến đường Nhật Tân - Nội Bài, các khu đấu giá QSD đất... thuộc đối tượng được miễn phép xây dựng nên việc quản lý xây dựng theo quy hoạch như quản lý chỉ giới đường đỏ, chỉ giới xây dựng, số tầng cao tối đa còn khó khăn do các hành vi vi phạm sai quy hoạch, vi phạm chỉ giới thuộc thẩm quyền ra quyết định xử phạt của Thành phố.

Một khó khăn nữa liên quan đến quy hoạch 2 bên tuyến đường Nhật Tân - Nội Bài tỷ lệ 1/500, đó là số tầng tối đa của nhà ở riêng là 3 tầng không đáp ứng được nhu cầu của người dân, sau khi lập hồ sơ xử lý nhưng do lực lượng mỏng, người dân thi công vào ngày nghỉ, ngày lễ tết gây khó khăn, bất cập trong công tác quản lý trật tự xây dựng, quy hoạch.

Nguyên nhân của những khó khăn vướng mắc này là do đội ngũ cán bộ làm công tác quy hoạch, xây dựng trên địa bàn còn hạn chế, thiếu về con người đặc biệt là cấp xã, quá trình tổ chức thực hiện theo quy hoạch chưa tốt, nhiều dự án được lập phải sửa chữa nhiều lần. Quy hoạch phân khu đô thị được lập trên tỷ lệ 1/5000 là quy hoạch mang tính chất quy hoạch chung, các chức năng sử dụng đất chưa được xác định cụ thể, rõ ràng nên khó khăn trong công tác hướng dẫn, cung cấp thông tin quy hoạch kiến trúc khi thực hiện các TTHC cho tổ chức, cá nhân trên địa bàn. Bên cạnh đó, Đông Anh là địa bàn rộng, khối lượng công việc rất nhiều trong khi biên chế cho phòng chuyên môn hạn chế, Phòng Quản lý đô thị huyện là đơn vị thẩm định các dự án, đồ án quy hoạch theo quy định tối đa 11 biên chế, rất khó khăn trong công tác quản lý giám sát thực hiện quy hoạch.

Trước những khó khăn vướng mắc, huyện Đông Anh đã có những kiến nghị cụ thể với HĐND TP để tháo gỡ. Cụ thể, huyện Đông Anh đang trong quá trình đô thị hóa rất nhanh và tập trung thực hiện Đề án đầu tư, xây dựng huyện Đông Anh thành quận đến năm 2025 đã được UBND Thành phố phê duyệt tại Quyết định số 5858/QĐ-UBND, ngày 21-10-2019, do đó, nhiều dự án trọng điểm của Trung ương và Thành phố đang triển khai trên địa bàn huyện; một số quy hoạch phân khu đang được nghiên cứu điều chỉnh,... cần phải đồng bộ về hạ tầng kỹ thuật, hạ tầng xã hội, giảm tác động tiêu cực của đô thị hóa giữa khu vực hiện có với khu vực phát triển đô thị của Thành phố, thực hiện tốt các đề án thành phần theo đề án huyện thành quận,… nên đề nghị Chính phủ sớm ban hành Nghị định, Thông tư hướng dẫn thực hiện Luật số 35/2018/QH14 sửa đổi, bổ sung một số điều của 37 Luật có liên quan đến quy hoạch. Đồng thời, kiến nghị Thành phố đẩy nhanh tiến độ điều chỉnh cục bộ Quy hoạch chung xây dựng Thủ đô Hà Nội (khu vực Bắc sông Hồng), sớm lập quy hoạch chi tiết tỷ lệ 1/500 khu vực GN khu vực Đầm Vân Trì - Sông Thiếp - Cổ Loa; sớm phê duyệt các đồ án quy hoạch phân khu đô thị GN-A, Rsông Hồng, Rsông Đuống để huyện có cơ sở triển khai thực hiện.

Bên cạnh đó, theo quy hoạch chung xây dựng Thủ đô đến năm 2030 và tầm nhìn đến năm 2050, xác định có một số xã có diện tích một phần nằm trong đô thị, một phần nằm ngoài đô thị như: Xã Dục Tú, xã Xuân Nộn, xã Liên Hà, xã Thụy Lâm, riêng xã Vân Hà nằm ngoài đô thị. Vì vậy, huyện đề nghị Thành phố cho phép nghiên cứu thực hiện điều chỉnh, bổ sung quy hoạch các khu vực trên theo hướng đô thị phù hợp với đề án xây dựng huyện Đông Anh thành quận,…