Trong giai đoạn 2011-2016, Thành phố đã quan tâm trực tiếp đầu tư và hỗ trợ các huyện, đơn vị ngành dọc đầu tư xây dựng nhiều công trình phục vụ thiết thực cho nhu cầu dân sinh. Cơ bản các dự án đã đầu tư cho kết quả sử dụng tốt, đảm bảo hiệu quả đầu tư, đáp ứng mục tiêu đầu tư, góp phần phát triển kinh tế - xã hội tại địa phương, được người dân đánh giá cao. Một số huyện đã phát huy vai trò, vị trí, quyền hạn của cơ quan Thường trực HĐND và Ban Kinh tế - Xã hội HĐND cấp huyện trong việc thống nhất các dự án khởi công mới giai đoạn 2017-2020 đề xuất ngân sách Thành phố hỗ trợ có mục tiêu.
Tuy nhiên, tại một số huyện, công tác quyết toán dự án hoàn thành còn chưa tuân thủ quy định về thời gian, chậm hoàn thiện hồ sơ quyết toán, chậm bố trí nguồn vốn quyết toán (ví dụ: xử lý cấp bách sự cố sập cầu Văn Quán bắc qua kênh Yên Cốc thuộc xã Đỗ Động, huyện Thanh Oai; Trường THPT Tiền Phong, huyện Mê Linh...). Công tác GPMB đối với một số dự án còn chậm, dẫn đến thời gian triển khai dự án bị kéo dài, thậm chí tạm dừng, không thực hiện được kế hoạch vốn đã giao (ví dụ: Đường Đục Khê - Tiên Mai, xã Hương Sơn, huyện Mỹ Đức...).
Bên cạnh đó, tại một số địa phương, việc đầu tư chưa được thực hiện đồng bộ, một số dự án đã hoàn thành nhưng chưa có tính kết nối cao với hạ tầng kĩ thuật xung quanh, dẫn đến chưa phát huy tối đa hiệu quả đầu tư (ví dụ: cầu Mỹ Hòa, huyện Mỹ Đức sắp hoàn thành mở rộng nhưng đường dẫn chưa được đầu tư đồng bộ...).
Ban Kinh tế Ngân sách cũng chỉ ra rằng, việc thực hiện trình tự, thủ tục trong quản lý đầu tư xây dựng theo các quy định mới của Nhà nước và Thành phố ở một số địa phương còn lúng túng. Việc đề xuất đầu tư dự án khởi công mới của một số chủ đầu tư còn dàn trải, vượt quá khả năng cân đối nguồn lực đầu tư, chưa tuân thủ tinh thần triển khai đầu tư tập trung, sớm đưa công trình hoàn thành đưa vào sử dụng, nâng cao hiệu quả đầu tư của Thành phố. Còn tình trạng các dự án phục vụ dân sinh bức xúc thuộc nhiệm vụ chi của cấp huyện theo quy định phân cấp quản lý nhà nước tại Quyết định số 41/2016/QĐ-UBND ngày 19/9/2016 của UBND Thành phố nhưng chưa được đề cập trong kế hoạch đầu tư công cấp huyện; mặt khác, một số dự án cấp thiết ở địa phương thuộc nhiệm vụ chi của ngân sách Thành phố nhưng chưa được quan tâm đầu tư.
Nhận định về những hạn chế tồn tại, Trưởng ban Kinh tế Ngân sách HĐND TP Phạm Thị Thanh Mai cho rằng, nguyên nhân chủ yếu là một số chủ đầu tư chưa quan tâm đến công tác hoàn thiện hồ sơ quyết toán dự án hoàn thành, tính chuyên nghiệp của một số đơn vị được UBND các huyện ủy quyền thực hiện công tác quản lý dự án còn chưa cao. Một số ngành, địa phương chưa quan tâm đến việc lập kế hoạch đầu tư đồng bộ, có tính kết nối giữa các dự án đầu tư với nhau cũng như với hạ tầng kĩ thuật hiện có, sắp xếp thứ tự ưu tiên đầu tư chưa phù hợp. Một số chủ đầu tư và các cơ quan tham mưu cấp huyện chưa quán triệt tinh thần bố trí vốn tập trung, sớm đưa công trình hoàn thành đưa vào sử dụng, nâng cao hiệu quả đầu tư của Thành phố.
Ngoài ra, việc triển khai công tác bàn giao một số lĩnh vực giữa cấp Thành phố với cấp huyện theo Quyết định số 41/2016/QĐ-UBND ngày 19/9/2016 của UBND Thành phố về quy định phân cấp quản lý nhà nước một số lĩnh vực hạ tầng, kinh tế - xã hội trên địa bàn Thành phố còn lúng túng ngay từ một số sở, ngành của Thành phố. Một số chủ đầu tư chưa quan tâm đến công tác tổng hợp số liệu, theo dõi dự án đầu tư, chưa có sự phối hợp, chia sẻ thông tin giữa các chủ đầu tư dự án ngân sách cấp Thành phố và UBND các quận, huyện, thị xã nơi triển khai dự án.
Để khắc phục ngay những tồn tại hạn chế nhằm nâng cao hiệu quả của việc đầu tư, HĐND TP đã đề nghị UBND Thành phố sớm hoàn thành báo cáo Thường trực HĐND Thành phố cho ý kiến thỏa thuận nguồn vốn và mức hỗ trợ từ ngân sách Thành phố bổ sung có mục tiêu đối với các dự án khởi công mới giai đoạn 2017-2020 cấp huyện và dự án Thành phố hỗ trợ ngành dọc. Đồng thời, chỉ đạo Sở Kế hoạch và Đầu tư phối hợp với các sở, ban, ngành, UBND các quận, huyện, thị xã rà soát, tổng hợp danh mục dự án khởi công mới giai đoạn 2017-2020 sử dụng vốn ngân sách cấp Thành phố, trong đó có các dự án do các huyện đề xuất đã được lãnh đạo Thành phố chỉ đạo, được Ban Kinh tế Ngân sách trực tiếp khảo sát đảm bảo tính đồng bộ, kết nối với hạ tầng kĩ thuật hiện có cũng như với các dự án đang triển khai và dự kiến triển khai, xây dựng tiến độ thực hiện phù hợp, tránh tình trạng dự án triển khai xong không có khả năng kết nối với hạ tầng kĩ thuật xung quanh hoặc phải chờ kết nối với dự án khác triển khai trong thời gian dài.
Sở Kế hoạch và Đầu tư phối hợp với các sở, ban, ngành, UBND các quận, huyện, thị xã rà soát, tổng hợp danh mục dự án đầu tư từ ngân sách cấp Thành phố đã khởi công, đang thực hiện dở dang trong thời gian qua nhưng giai đoạn 2017-2020 không được bố trí kế hoạch vốn, xây dựng phương án tiếp tục triển khai hoặc triển khai đến điểm dừng kĩ thuật, tránh lãng phí vốn đầu tư.
UBND TP cũng cần sớm ban hành quy định một số nội dung về quản lý đầu tư và xây dựng đối với các chương trình, dự án đầu tư công của Thành phố thay thế Quyết định số 09/2012/QĐ-UBND ngày 21/5/2012 của UBND Thành phố để phù hợp quy định của Luật Đầu tư công số 49/2014/QH13 và Luật Xây dựng số 50/2014/QH13 trên tinh thần phân công rõ người, rõ trách nhiệm, rõ quy trình, cấp nào làm tốt hơn thì giao cấp đó thực hiện.