Kinh thành Đông Đô bị đổi tên là thành Đông Quan. Đầu tháng 7/1407, Minh Thành Tổ hạ chiếu đổi An Nam làm Giao Chỉ, âm mưu sáp nhập nước ta vào lãnh thổ Trung Quốc, xóa bỏ hẳn tên nước ta. Cơ quan đứng đầu quận Giao Chỉ đóng ở thành Đông Quan. Đó là một tổ chức chính quyền gồm 3 cơ quan, gọi là Tam ty: Thừa tuyên Bố chính ty (gọi tắt là Bố chính ty), Đô chỉ huy sứ ty (gọi tắt là Đô ty) và Đề hình Án sát ty (gọi tắt là Án sát ty). Bố chính ty trông coi về dân chính và tài chính, Án sát ty nắm quyền tư pháp, Đô ty tổ chức và chỉ huy quân đội. Ba ty này trực thuộc vào triều đình nhà Minh ở Trung Quốc. Bọn quan lại nhà Minh ở nước ta, trừ một số tướng có công trong cuộc xâm lược được giữ lại (như Lữ Nghị, Hoàng Trung, Hoàng Phúc...) và một số quan lại ở Trung Quốc cử sang (như Thị lang bộ Công là Trương Hiển Tông, Hữu tham chính ty Bố chính ở Hà Nam là Lưu Dục...), còn phần lớn là người Lưỡng Quảng, Vân Nam tình nguyện sang làm quan. Bọn quan hạng sau cùng này hầu hết là con em lớp địa chủ học hành chưa đỗ đạt, muốn tìm ở Giao Chỉ một quan tước và nhất là một nơi được tự do bóc lột, vơ vét làm giàu. Với sự bổ nhiệm ấy, bọn quan lại nhà Minh ở nước ta toàn là những tên thực dân tham lam, bạo ngược, chỉ biết đàn áp nhân dân và bóc lột làm giàu. Bên cạnh những quan lại nhà Minh là những tên ngụy quan cũng không kém phần tàn ác, thâm độc. Chính sách của nhà Minh là mua chuộc một số người Việt làm tay sai, thực hiện chính sách dùng người Việt trị người Việt. Tháng 10/1407, Trương Phụ tâu về triều đã tìm được 9.000 người và sẽ lần lượt đưa về Trung Quốc huấn luyện qua, rồi trao cho quan chức trở về cai trị các phủ, châu, huyện. Nhân dân ta kịch liệt phản kháng chính sách chia rẽ thâm độc ấy. Khắp nơi nhân dân truyền tụng câu ngạn ngữ: “Dục hoạt, nhập ẩn sơn lâm; dục tử, Minh triều tố quan” (Muốn sống thì ẩn ở núi rừng, muốn chết hãy ra làm quan với nhà Minh), để đe dọa những tên Việt gian, phản bội. Nền thống trị của nhà Minh thực sự dựa trên bạo lực, dựa trên sự trấn áp tàn bạo. Vì vậy, nhà Minh ra lệnh bắt nhân dân ta nộp hết mọi thứ khí giới và tuyệt đối cấm đóng chiến thuyền, chế tạo vũ khí. Những người nào không thi hành lệnh ấy đều bị coi là làm loạn (!).
Nhà Minh tiến hành những chính sách thống trị tàn khốc và những thủ đoạn đàn áp, khủng bố rất dã man. Ngoài chém giết, chúng còn dùng những lối tàn sát cực kỳ man rợ như mổ bụng người, rán thịt người, thiêu sống người, chất thây người thành mồ kỷ niệm... Trương Phụ là tên tướng xâm lăng khét tiếng nhất về những thủ đoạn tàn sát ấy. Bên cạnh những thủ đoạn tàn bạo ấy, nhà Minh thi hành một chính sách bóc lột, vơ vét tham tàn. Ngạch thuế ruộng công của nhà Minh rất nặng (tăng gấp 3 lần), nhà Minh còn đặt ra nhiều thứ thuế về công thương nghiệp khác để tăng cường bóc lột mọi tầng lớp nhân dân. Tất cả những người làm nghề thủ công và đi buôn bán đều phải đóng thuế. Tất cả các ngành thủ công của nhân dân trong thành Đông Đô bị đình đốn vì chính sách thuế khóa rất nặng của nhà Minh. Một số nghề thủ công bị phá sản, sinh hoạt của người dân Đông Đô trở nên khó khăn hơn bao giờ hết.
Bọn quan lại nhà Minh còn bắt nhân dân ta làm sai dịch cho chúng. Sử cũ chép: “Bấy giờ kinh lộ đều phụ thuộc vào nhà Minh, trăm họ phải làm sai dịch và nộp lương thực theo sự sai bắt của bọn quan thú nhiệm” (Toàn thư, tập II. Sđd, tr. 231). Minh Thành Tổ lại lệnh cho bọn quan lại nhà Minh ở nước ta phải lùng bắt những người thợ giỏi trong nhân dân đem về Trung Quốc phục dịch. Năm 1407, khi về nước, Trương Phụ đem theo 7.700 người thợ đủ các nghề, trong đó có Nguyễn An ở Hà Nam là người thợ nổi tiếng. Tất cả dân đinh từ 16 đến 60 tuổi, xếp vào loại thành đinh trong hộ tịch đều phải đi phu phục dịch nặng nề. Nhân dân luôn phải thay nhau đi xây đắp thành lũy, dinh thự rất vất vả.
Một chính sách thống trị thâm độc nhất của nhà Minh là âm mưu thủ tiêu nền văn hóa dân tộc, thủ tiêu những truyền thống lâu đời của nhân dân ta, thực hiện chính sách đồng hóa ngu dân để vĩnh viễn biến nước ta thành một châu quận của Trung Quốc, bắt nhân dân ta suốt đời làm nô lệ cho nhà Minh. Trước hết, nhà Minh bắt nhân dân ta từ bỏ những phong tục tập quán lâu đời để đồng hóa theo phong tục của người Trung Quốc. Năm 1414, Hoàng Phúc ra lệnh cấm con trai, con gái không được cắt tóc và phụ nữ phải mặc áo ngắn quần dài như người phương Bắc.
Về phương diện văn hóa, chính sách thống trị của nhà Minh là âm mưu thủ tiêu nền văn hóa lâu đời của nhân dân ta. Ngày 21/ 5 năm Đinh Hợi (26-6-1407), Minh Thành Tổ ra lệnh cho Trương Phụ, Trần Húc tiêu hủy tất cả sách vở, bản in sách, cho đến bia đá và cả những bài học của trẻ con… “Một mảnh giấy, một nửa chữ cùng những bia khắc của nước ấy dựng lên, hễ thấy thì lập tức hủy hoại hết” (Việt kiệu thư, q.2).
Năm 1419, nhà Minh lại một lần nữa sai tịch thu tất cả sách vở về lịch sử văn học, pháp luật, quân sự... trong các thời đại trước đưa về Trung Quốc. Thế là bao nhiêu sách vở từ đời Trần về trước, được các triều đại phong kiến Việt Nam in ấn và thu góp, bảo quản trong các tàng thư của Nhà nước tại Thăng Long - Đông Đô đã bị quân Minh vơ vét, cướp đoạt tất cả. Đó là những tác phẩm lịch sử, văn học... quý giá ghi chép lại cả một quá khứ vẻ vang của dân tộc ta. Sau này khi bị bao vây ở thành Đông Đô tướng giặc Vương Thông còn ghi thêm một tội ác lớn về mặt văn hóa nữa. Năm 1426, Vương Thông cho quân lính phá chuông Quy Điền và tháp Báo Thiên - đó là 2 trong 4 “An Nam tứ đại khí” là những công trình nghệ thuật quý giá của nhân dân ta để lấy đồng đúc vũ khí. Bên cạnh đó, việc truyền bá mê tín dị đoan mê hoặc nhân dân chiếm một vai trò quan trọng trong chính sách thống trị của nhà Minh. Trong thời thuộc Minh, những hạng người làm nghề tôn giáo, mê tín được quân giặc đề cao, làm thành một công cụ thống trị lợi hại. Những thầy bói, thầy cúng, thầy chùa, đạo sĩ... được nhà Minh lựa chọn đưa sang Trung Quốc trao cho chức tước về làm quan, được sung làm giáo quan trong các trường học tại Đông Đô và cả nước. Nhà Minh muốn tạo ra một tâm lý mê tín, huyền hoặc để nhân dân xa lánh cuộc đấu tranh giải phóng trước mắt, đẩy nguồn gốc những nỗi thống khổ chết chóc hàng ngày do quân Minh gây ra về phía lực lượng thần bí yêu quái. Một chính quyền thống trị phải cầu cứu đến tôn giáo, mê tín như vậy là một chính quyền yếu đã bị cô lập, mất cơ sở xã hội.
