Theo đó, toàn thành phố có 907 hợp tác xã (HTX) nông nghiệp (chiếm 58,5%), trong đó, có 863 HTX dịch vụ nông nghiệp, 11 HTX chăn nuôi, 7 HTX thủy sản, 26 HTX chuyên rau, cây ăn quả, nấm. Tổ chức bộ máy quản lý của các HTX có từ 11 đến 15 người, đối với các HTX thành lập mới ít cán bộ hơn, từ 8 đến 10 người. Tổng số thành viên HTX là 1.018.284 thành viên, hầu hết là các hộ gia đình nông dân tham gia. Các HTX chuyên ngành có số thành viên ít hơn nhưng đều là những người lao động trực tiếp tham gia vào các hoạt động sản xuất, kinh doanh, dịch vụ nông nghiệp hoặc là các chủ trang trại.
Đa số HTX nông nghiệp đều tổ chức triển khai các khâu dịch vụ cho các hộ thành viên và nhân dân, làm tốt công tác chỉ đạo sản xuất nông nghiệp, đảm bảo về thời vụ, bố trí cây trồng hợp lý, đưa các giống có năng suất và chất lượng, giá trị cao vào sản xuất, đem lại hiệu quả kinh tế cao hơn trên diện tích đất canh tác. Trong số các HTX nông nghiệp có 65% số HTX có dịch vụ tưới tiêu; 3% số HTX có dịch vụ điện; 49% số HTX có dịch vụ bảo vệ thực vật; 20% số HTX có dịch vụ thú y; 8% số HTX có dịch vụ làm đất.... Ngoài ra, một số HTX đã mở rộng thêm các dịch vụ phục vụ dân sinh như; dịch vụ vệ sinh môi trường (5%), dịch vụ nước sinh hoạt (6%), dịch vụ quản lý chợ (4%).
Các HTX nông nghiệp đều rất tích cực tham gia công tác xây dựng nông thôn mới, thực hiện dồn điền đổi thửa, tham gia thực hiện công tác quy hoạch, phân vùng sản xuất, tổ chức cho các hộ thành viên và nhân dân chuyển giao tiến bộ kỹ thuật vào sản xuất, đưa cơ giới hóa vào nông nghiệp. Một số HTX đã liên kết với các công ty giống cung cấp các loại giống mới, chất lượng, năng suất cao đưa giá trị sản xuất nông nghiệp bình quân trên 220 triệu đồng/ha/năm.
Tuy nhiên, vẫn còn nhiều HTX gặp khó khăn như: Thiếu vốn hoạt động, hiệu quả thấp, đầu ra cho sản phẩm không ổn định, thiếu sức cạnh tranh. Một số HTX còn thu dịch vụ theo đầu sào. Các dịch vụ chế biến, tiêu thụ sản phẩm hoặc tổ chức sản xuất kinh doanh còn ít HTX làm được; cơ sở vật chất của nhiều HTX còn nghèo nàn. Nhiều HTX dịch vụ nông nghiệp, nhất là HTX quy mô thôn chưa có trụ sở làm việc, không có địa điểm để mở rộng ngành nghề kinh doanh; tài sản, vốn, quỹ của HTX không tăng hoặc tăng chậm. Còn nhiều HTX chưa mở rộng liên kết giữa các HTX trên địa bàn và liên kết với doanh nghiệp để đầu tư sản xuất, chế biến và tiêu thụ nông sản, hàng hóa.
