Tại hội nghị, các đại biểu đã tập trung thảo luận về một số nội dung: phạm vi điều chỉnh, đối tượng áp dụng, tên gọi, bố cục của Luật; quy hoạch đặc khu; các cơ chế chính sách; tổ chức bộ máy và chính quyền đặc khu…

Đóng góp vào dự thảo Luật, Giáo sư Đặng Hùng Võ cho rằng, khoản 2 Điều 32 về quyền và nghĩa vụ sử dụng đất tại đặc khu sẽ rất khó cho việc tạo công bằng cho quá trình được thế chấp bằng bất động sản tại Việt Nam tại các ngân hàng nước ngoài có hiện diện thương mại tại Việt Nam. Theo đó, Giáo sư đề nghị một nguyên tắc là tất cả quyền sử dụng đất và tài sản gắn liền với đất được thế chấp tại các ngân hàng nước ngoài có hiện diện thương mại tại Việt Nam, vì theo dự thảo Luật mới chỉ cho tài sản gắn liền với đất thuê, điều này chỉ đúng khi tài sản đó gắn liền với đất thuê trả tiền thuê đất hàng năm, không đúng đối với trường hợp đã bỏ tiền để mua quyền sử dụng đất hoặc trả tiền thuê đất cho cả giai đoạn dài và các tài sản gắn liền với đất đó.

Đối với Điều 34 về quyền đối với các bất động sản du lịch nghỉ dưỡng cho phép kinh doanh thứ cấp phù hợp với quy định của pháp luật về đất đai, song quy định về đất đai hiện nay vẫn chưa được sửa đổi. Theo GS Đặng Hùng Võ thì chúng ta đừng cho một cơ chế cứng là lâu dài như đất ở hoặc có thời hạn như đất sản xuất kinh doanh mà nên đưa ra cơ chế đối với loại nửa để ở, nửa để kinh doanh để người đầu tư có thể lựa chọn. Bởi đây là bài toán nhà đầu tư đặt ra để tính toán, quyết định.

Đại biểu Phạm Đức Bảo, Phó Viện trưởng Viện Nghiên cứu chính sách và phát triển đề nghị đổi tên dự thảo Luật là Luật đơn vị hành chính - kinh tế đặc biệt, để làm Luật chung cho các đơn vị khác, tránh mỗi lần làm đặc khu lại phải có thêm Luật khác. Về chế độ chính sách đối với đơn vị hành chính - kinh tế đặc biệt, liên quan đến đất đai, việc miễn giảm thuế cần xem xét cẩn trọng để quy định phù hợp hơn không nên quá ưu đãi vì đây là những vùng lãnh thổ có nhiều ưu thế để thu hút nhà đầu tư.

Đối với danh mục ngành nghề đầu tư có điều kiện tại 3 đặc khu, dự thảo luật có 131 ngành nghề tăng 23 ngành nghề so với danh mục Chính phủ trình Quốc hội tại kỳ họp thứ 4, tuy nhiên, việc thu hút đầu tư vào ngành nghề lĩnh vực nào cần có sự tính toán kỹ để đầu tư có hiệu quả. Khi ưu đãi để thu hút đầu tư cần tính đến ngành nghề mà địa phương đang phát triển, xem xét thu hút đầu tư thêm có lãng phí không. Bên cạnh đó, việc ưu đãi trong đầu tư không phải ưu đãi về thuế là chính yếu mà đầu tiên phải là ổn định môi trường kinh doanh rồi đến chính sách để tạo niềm tin cho nhà đầu tư, thu hút nguồn nhân lực, công khai minh bạch…

Đồng tình với ý kiến của đại biểu Phạm Đức Bảo, Trưởng ban Pháp chế HĐND Thành phố Nguyễn Hoài Nam cũng cho rằng cần phải lưu ý về cơ chế ưu đãi. Liên quan đến chính quyền đặc khu, Hiến pháp đã ghi không nhất thiết phải tổ chức chính quyền ở tất cả các cấp. Như vậy, thiết kế chương 4 có thể theo mô hình Trưởng đặc khu do Thủ tướng Chính phủ bổ nhiệm trên cơ sở và tổ đại biểu HĐND đặc khu của tỉnh chịu trách nhiệm giám sát. Thiết kế như vậy không vi hiến và bảo đảm được sự đổi mới nhất định.

Phát biểu kết luận hội nghị, đồng chí Bùi Huyền Mai nhấn mạnh: dự thảo Luật Đơn vị hành chính - kinh tế đặc biệt Vân Đồn, Bắc Vân Phong, Phú Quốc sẽ được Quốc hội xem xét quyết định tại kỳ họp thứ 5. Qua 13 ý kiến phát biểu, 3 ý kiến trao đổi tranh luận lại đều tập trung vào những nội dung còn ý kiến khác nhau. Thay mặt Đoàn đại biểu Quốc hội TP Hà Nội, đồng chí Bùi Huyền Mai tiếp thu các ý kiến và mong muốn các đại biểu tiếp tục nghiên cứu, đóng góp, để hoàn thiện dự thảo luật.