Trung tâm Y tế Dự phòng Hà Nội (Hanoi Preventive Medicine Center- Hanoi PMC) có Trụ sở chính (cơ sở 1): Số 70, phố Nguyễn Chí Thanh, quận Đống Đa, TP Hà Nội;
Cơ sở 2: số 35, phố Trần Bình, quận Cầu Giấy, TP Hà Nội (duy trì các hoạt động về lĩnh vực Kiểm dịch y tế Quốc tế).
Cơ sở 3: số 23, phố Nguyễn Viết Xuân, quận Hà Đông, thành phố Hà Nội (duy trì các hoạt động về lĩnh vực Sức khỏe  nghề nghiệp và Môi trường);
Cơ sở 4: Khu Hành chính mới, quận Hà Đông, thành phố Hà Nội (duy trì các hoạt động về lĩnh vực Phòng chống HIV/AIDS);
Cơ sở 5: Số 1, ngõ 2, phố Quang Trung, quận Hà Đông, thành phố Hà Nội (duy trì các hoạt động về lĩnh vực Truyền thông Giáo dục sức khỏe);
Cơ sở 6: Số 7, ngõ 107, phố Nguyễn Chí Thanh, quận Đống Đa, thành phố Hà Nội (duy trì các hoạt động về lĩnh vực Kiểm nghiệm Dược phẩm và Mỹ phẩm);
Cơ sở 7: số 20, phố Bế Văn Đàn, quận Hà Đông, thành phố Hà Nội (duy trì các hoạt  động về lĩnh vực Kiểm nghiệm Dược phẩm và Mỹ phẩm);
Cơ sở 8: Số 86, phố Thợ Nhuộm, quận Hoàn Kiếm, thành phố Hà Nội (duy trì các hoạt động về lĩnh vực Quỹ hỗ trợ phòng, chống dịch, bệnh nguy hiểm).

Trung tâm là đơn vị sự nghiệp y tế công lập hạng I trực thuộc Sở Y tế; Trung tâm có tư cách pháp nhân, con dấu, tài khoản riêng tại kho bạc và ngân hàng, trụ sở làm việc theo quy định của pháp luật. Trung tâm chịu sự chỉ đạo, quản lý về tổ chức, hoạt động và các nguồn lực của Sở Y tế; đồng thời, chịu sự chỉ đạo, kiểm tra, thanh tra hướng dẫn về chuyên môn, kỹ thuật, nghiệp vụ của Bộ Y tế.

Trung tâm có chức năng chỉ đạo, tổ chức thực hiện các nhiệm vụ chuyên môn, kỹ thuật về y tế dự phòng, truyền thông giáo dục sức khỏe trên địa bàn TP, tổ chức thực hiện các dịch vụ công về y tế theo quy định của pháp luật; Tham mưu cho Giám đốc Sở Y tế tổ chức triển khai thực hiện các nhiệm vụ chuyên môn, kỹ thuật về y tế dự phòng; truyền thông giáo dục sức khỏe, vận động các tổ chức, cá nhân trong nước và nước ngoài tham gia tài trợ, hỗ trợ phòng, chống dịch, bệnh nguy hiểm trên địa bàn thành phố Hà Nội.

Trung tâm là đơn vị sự nghiệp công lập, tự đảm bảo một phần chi hoạt động thường xuyên theo Nghị định số 43/2006/NĐ-CP ngà 25/4/2006 của Chính phủ.

Về cơ cấu tổ chức, Ban Giám đốc Trung tâm gồm Giám đốc và 04 Phó Giám đốc; 04 phòng chuyên  môn và 22 khoa, phòng chuyên môn. Biên chế Trung tâm là biên chế sự nghiệp trong tổng số biên chế sự nghiệp của Sở Y tế được UBND TP phân bổ hàng năm. Trước mắt, biên chế của Trung tâm sau khi tổ chức lại là 631 người (561 viên chức và 70 lao động hợp đồng) là tổng biên chế đã được UBND TP giao cho các đơn vị sáp nhập năm 2017 sau khi đã tinh giản 5% biên chế viên chức (theo lộ trình đến năm 2021 tiếp tục tinh giản bộ phận hành chính theo quy định).