Theo đó, trong lĩnh vực chăn nuôi, giai đoạn 2014-2016, trên địa bàn thành phố có khoảng 171.800 con trâu, bò, 1.600.000 con lợn và 27.000.000 con gia cầm. Với đàn gia súc, gia cầm khá lớn nên lượng chất thải rắn phát sinh từ hoạt động chăn nuôi trung bình khoảng 10.000 tấn/ngày. Mặc dù các trang trại chăn nuôi lớn đã được quan tâm việc bảo vệ môi trường nhưng việc kiểm soát ô nhiêm môi trường trong hoạt động chăn nuôi còn nhiều hạn chế. Hình thức xử lý chủ yếu là xây dựng các hầm biogas, một phần nhỏ của chất thải rắn được ủ để làm phân bón, một phần được dùng trực tiếp tưới cho hoa màu và nuôi cá. Các hộ chăn nuôi quy mô nhỏ đa phần chất thải lỏng đều chảy trực tiếp ra hệ thống cống thoát nước chung trong khu dân cư.
Đến nay, trên địa bàn thành phố Hà Nội đã có khoảng trên 45.000 công trình khí sinh học (hầm biogas) với sự tham gia hỗ trợ của các dự án: Ngân hàng Thế giới, “Chương trình khí sinh học cho ngành Chăn nuôi Việt Nam”, “Nâng cao chất lượng, an toàn sản phẩm nông nghiệp và phát triển chương trình khí sinh học” (QSEAP), “Cạnh tranh ngành Chăn nuôi và An toàn thực phẩm” (LIFSAP), Chương trình Phát triển chăn nuôi của thành phố... Ngoài ra, các hộ, trang trại chăn nuôi tự xây dựng hầm biogas. Thành phố hỗ trợ một số trang trại chăn nuôi xử lý chất thải bằng hình thức sử dụng đệm lót sinh học và công nghệ xử lý lên men vi sinh. Các hình thức xử lý trên góp phần giải quyết vấn đề ô nhiễm môi trường chăn nuôi.
Trong nuôi trồng thủy sản, hiện nay, diện tích nuôi trồng thủy sản (NTTS) trên địa bàn thành phố khoảng 21.300ha, trong đó có khoảng 6.706ha diện tích ao, hồ nhỏ gần khu dân cư dễ bị ảnh hưởng bởi nước thải của các làng nghề, khu công nghiệp, khu chăn nuôi. Từ năm 2014 - 2016, tổng diện tích NTTS có thủy sản bị bệnh là 1.130,42ha; khối lượng thủy sản bị chết là 625,33 tấn.
Từ năm 2014-2016, cơ quan chuyên môn đã tổ chức lấy mẫu nước để phân tích mẫu môi trường nước NTTS định kỳ tại các vùng NTTS trọng điểm trên địa bàn thành phố; đánh giá mức độ ô nhiễm và cảnh báo kịp thời tới người nuôi; hướng dẫn các biện pháp cải tạo, điều chỉnh phù hợp với tình trạng ao nuôi; hướng dẫn các hộ kiểm soát tốt nguồn nước NTTS. Nhờ công tác quan trắc, cảnh báo môi trường nước nuôi trồng thủy sản đã giúp cho người nuôi hạn chế dịch bệnh thủy sản. Khi thủy sản bị bệnh, kịp thời xử lý để bệnh không lây lan trên diện rộng. Trong năm 2014 - 2016 trên địa bàn thành phố không xảy ra dịch các bệnh thuộc danh mục bệnh thủy sản phải công bố dịch.
Ngoài ra, thành phố đang triển khai tích cực chương trình phát triển chăn nuôi theo vùng, xã trọng điểm và chăn nuôi quy mô lớn ngoài khu dân cư nhằm tập trung nguồn thải từ hoạt động chăn nuôi để đầu tư xử lý, cũng như để hạn chế lây lan dịch bệnh. Đến hết năm 2016, đã hình thành 15 xã trọng điểm về chăn nuôi bò sữa, 19 xã chăn nuôi bò thịt, 13 xã chăn nuôi lợn thịt; 29 xã chăn nuôi gia cầm. Qua đó, hạn chế đến mức thấp nhất ô nhiễm môi trường trong quá trình phát triển chăn nuôi.
