Theo đó, trong giai đoạn 2011-2015, toàn thành phố đã giảm 1 cơ quan hành chính trực thuộc; khối đơn vị sự nghiệp giảm 2 đơn vị, thành lập mới 4 đơn vị thuộc UBND thành phố; nhưng tăng 9 đơn vị sự nghiệp trực thuộc sở, ban, ngành.
Bên cạnh đó, UBND thành phố đã ban hành quy định vị trí, chức năng, nhiệm vụ và quyền hạn và cơ cấu tổ chức của 8 đơn vị; điều chỉnh chức năng, nhiệm vụ và quyền hạn 2 đơn vị; sửa đổi quy định chức năng, nhiệm vụ 1 tổ chức hành chính thuộc sở; kiện toàn cơ cấu tổ chức, mô hình hoạt động thanh tra ngành xây dựng; thành lập và quy định chức năng, nhiệm vụ, cơ cấu tổ chức Ban Tiếp công dân thành phố; kiện toàn, sắp xếp Văn phòng Đăng ký đất đai một cấp thuộc Sở Tài nguyên và Môi trường.
Từ năm 2016, thành phố tập trung rà soát, sắp xếp, kiện toàn tổ chức bộ máy các cơ quan hành chính, đơn vị sự nghiệp công lập thuộc thành phố theo hướng tinh gọn, thực sự hiệu lực, hiệu quả, phù hợp với chức năng, nhiệm vụ và các quy định của Trung ương. Cụ thể, thành phố đã thực hiện việc sắp xếp, kiện toàn cơ cấu tổ chức của 22/22 sở và tương đương; sau sắp xếp giảm 46 phòng, ban; hoàn thành sắp xếp 70 ban quản lý dự án đầu tư xây dựng thành 41 ban quản lý dự án (giảm 41,4%); hoàn thành tổ chức lại Quỹ Đầu tư phát triển thành phố Hà Nội trên cơ sở hợp nhất Quỹ Đầu tư phát triển thành phố, Quỹ Phát triển đất thành phố, Quỹ Bảo vệ môi trường (Sở Tài nguyên và Môi trường); hoàn thành sắp xếp các đơn vị sự nghiệp cấp huyện; sáp nhập Trung tâm Sát hạch để cấp phép lái xe trực thuộc Sở Giao thông Vận tải vào Tổng công ty Vận tải Hà Nội; chuyển 5 trường trung cấp chuyên nghiệp và chức năng quản lý nhà nước về giáo dục nghề nghiệp từ Sở Giáo dục và Đào tạo sang Sở Lao động, Thương binh và Xã hội quản lý nhà nước theo quy định của Luật Giáo dục nghề nghiệp.
UBND thành phố cũng chỉ đạo thực hiện giải thể cơ quan thường trực Ban Chỉ đạo Giải phóng mặt bằng thành phố và thành lập Phòng Công tác giải phóng mặt bằng thuộc Văn phòng UBND thành phố; quyết định thí điểm thành lập Đội Quản lý trật tự xây dựng đô thị trực thuộc UBND quận, huyện, thị xã; tổ chức lại Trung tâm Y tế quận, huyện, thị xã trực thuộc Sở Y tế trên cơ sở sáp nhập Trung tâm Dân số - Kế hoạch hóa gia đình cấp huyện và Trung tâm Y tế quận, huyện, thị xã; Quyết định thành lập Trung tâm Kiểm nghiệm thuốc, mỹ phẩm, thực phẩm Hà Nội và Quyết định thành lập Trung tâm Kiểm soát bệnh tật thành phố trên cơ sở tổ chức lại Trung tâm Y tế dự phòng Hà Nội.
