Đáng chú ý, mặc dù các cấp, các ngành thành phố đã kiên quyết xử lý, nhưng do nhiều nguyên nhân tình trạng vi phạm pháp luật về thủy lợi, đê điều trên địa bàn thành phố vẫn xảy ra. Qua tổng hợp, số vụ vi phạm pháp lệnh khai thác và bảo vệ công trình thủy lợi trên địa bàn thành phố phát sinh từ đầu năm 2019 đến nay là 278 vụ; đến thời điểm hiện tại đã giải tỏa được 69 vụ (50 vụ mới phát sinh và 19 vụ vi phạm cũ), còn tồn tại 228 vụ.

Từ đầu năm 2019 đến nay, trên địa bàn thành phố xảy ra 87 vụ vi phạm Luật Đê điều (từ 13/12/2018 đến 20/10/2019), giảm 83 vụ so với cùng kỳ năm 2018 (năm 2018 170 vụ). Sở NN&PTNT đã chỉ đạo Chi cục Đê điều và Phòng chống lụt bão Hà Nội đôn đốc các hạt quản lý đê tăng cường kiểm tra, phát hiện các vụ vi phạm; đề nghị các cấp chính quyền kịp thời xử lý vi phạm pháp luật về đê điều trên địa bàn. Bên cạnh đó, Chi cục thường xuyên xuống địa bàn trực tiếp kiểm tra, chỉ đạo và xử lý các vấn đề phát sinh trong công tác quản lý. Tuy nhiên, kết quả xử lý, giải tỏa các trường hợp vi phạm còn thấp, chính quyền các quận, huyện, thị xã đã xử lý được 31 vụ (trong đó 20 vụ của năm 2019 và 11 vụ của năm 2018); số vụ vi phạm phát sinh còn tồn đọng là 67 vụ.

Cũng trong lĩnh vực đê điều, Sở NN&PTNT Hà Nội đã chỉ đạo các đơn vị trực thuộc phối hợp, theo dõi diễn biến và xử lý sự cố sạt lở, hư hỏng công trình. Trong năm 2019, trên địa bàn thành phố phát sinh 14 sự cố đã được phát hiện và báo cáo đề nghị xử lý kịp thời (trong đó, có 4 sự cố về kè, 4 sự cố sạt lở bờ sông, 5 sự cố về đê, 1 sự cố hư hỏng điếm canh đê). Công tác kiểm tra hệ thống đê, kè, cống, bờ bãi sông cũng được thực hiện thường xuyên, các sự cố, hư hỏng công trình đê điều được phát hiện, báo cáo, đề xuất xử lý kịp thời và được UBND thành phố cho lập dự án đầu tư xử lý.