Theo đó, đến nay, toàn thành phố có 1.021 hợp tác xã (HTX) nông nghiệp, trong đó, có 977 HTX đang hoạt động, 44 HTX đã ngừng hoạt động. Trong tổng số HTX nông nghiệp, hiện có 929 HTX nông nghiệp hoạt động theo Luật Hợp tác xã năm 2012, 48 HTX nông nghiệp chưa chuyển đổi. Kết quả tổng hợp báo cáo của quận, huyện, thị xã, trong tổng số 897 HTX nông nghiệp đánh giá, xếp loại năm 2017, có 188 HTX nông nghiệp hoạt động tốt, 331 HTX nông nghiệp hoạt động khá, 323 HTX nông nghiệp hoạt động trung bình, 55 HTX nông nghiệp hoạt động yếu. Trong năm 2017, có 61 HTX nông nghiệp được thành lập mới. Các loại hình dịch vụ hiện nay của HTX chủ yếu là cung ứng giống vật tư, cơ giới hóa và phát triên sản xuất kinh doanh.

Hiện nay, trên địa bàn thành phố có 2.863 trang trại. Trong đó: 1.969 trang trại chăn nuôi, 488 trang trại nuôi trồng thủy sản, 334 trang trại tổng hợp, 71 trang trại trồng trọt, 1 trang trại lâm nghiệp. Hiệu quả sản xuất của trang trại ngày càng tăng và tiếp tục đóng vai trò quan trọng trong sản xuất nông, lâm nghiệp và thủy sản trên địa bàn thành phố.

Việc tập trung phát triển kinh tế trang trại trong những năm qua đã góp phần tích cực trong chuyển dịch cơ cấu kinh tế nông thôn, chuyển đổi cơ cấu cây trồng, vật nuôi, tạo ra nhiều nông sản phẩm chất lượng, giá trị cho thị trường, chất lượng quản lý sản phẩm từ các trang trại được nâng lên. Nhiều trang trại đã kết hợp với phát triển dịch vụ du lịch sinh thái nhằm thu hút khách du lịch, quảng bá, giới thiệu sản phẩm, tạo lá phổi xanh cho thành phố... Đây là loại hình kinh tế sử dụng hiệu quả các nguồn lực hiện có, nhất là nguồn lực lao động, đất đai, vốn.

Về phát triển sản xuất gắn với tái cơ cấu ngành Nông nghiệp của thành phố cũng đã có nhiều chuyển biến rõ nét. Hiện nay, trên địa bàn thành phố đã hình thành, duy trì và phát triển các vùng sản xuất với hơn 5.000ha trồng rau an toàn được quản lý; 76 xã chăn nuôi trọng điểm với 3.810 trang trại quy mô lớn ngoài khu dân cư; 25 vùng nuôi trồng thủy sản tập trung; hơn 1.000 cơ sở giết mổ gia súc, gia cầm, trong đó, có 7 cơ sở giết mổ công nghiệp, 23 cơ sở giết mổ bán công nghiệp.

Ngoài ra, thành phố có 123 mô hình nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao được triển khai hoạt động có hiệu quả. Giá trị sản phẩm nông nghiệp ứng dụng công nghê cao trên địa bàn thành phố hiện nay đạt 25%, trong đó đối với lúa, rau, hoa, cây ăn quả, chè đạt 17,9%, chăn nuôi 33,5%, thủy sản 3%... Một số mô hình tiêu biểu, giá trị cao, như: Trồng măng tây công nghệ cao ở huyện Phú Xuyên; trồng rau thủy canh ở xã Yên Mỹ, huyện Thanh Trì; trồng nấm công nghệ cao của Công ty TNHH Xuất nhập khẩu Kinoko Thanh Cao ở huyện Mỹ Đức...

Thành phố cũng duy trì và phát triển 115 mô hình liên kết trong sản xuất nông nghiệp, trong đó, có 97 chuỗi liên kết an toàn thực phẩm từ sản xuất đến tiêu thụ sản phẩm thực phẩm nông, lâm, thủy sản (46 chuỗi có nguồn gốc động vật và 51 chuỗi có nguốn gốc thực vật); thí điểm cấp 11 giấy xác nhận cho 11 cơ sở của 15 chuỗi rau, thịt với 23 điểm kinh doanh thực phẩm an toàn...