Theo Sở Công Thương, ngoài 2 chợ đầu mối (Chợ đầu mối phía Nam và Minh Khai) đang hoạt động, trên địa bàn thành phố còn có 4 chợ kinh doanh bán buôn nông sản, thủy sản đang hoạt động có tính chất đầu mối gồm: Chợ Long Biên kinh doanh hoa quả và rau các loại; chợ cá Yên Sở kinh doanh thủy sản; chợ gia cầm Hà Vỹ kinh doanh gia cầm, thủy cầm; chợ hoa Quảng An kinh doanh hoa.

Các chợ đầu mối được sở, ngành liên quan, UBND quận Hoàng Mai và Bắc Từ Liêm thường xuyên hướng dẫn doanh nghiệp quản lý, kinh doanh, khai thác chợ thực hiện các quy định của pháp luật liên quan đến: Nội quy hoạt động; phương án bố trí, sắp xếp ngành hàng; giá dịch vụ cho thuê địa điểm kinh doanh; an ninh trật tự; phòng cháy và chữa cháy; giao thông đô thị; vệ sinh an toàn thực phẩm... Đặc biệt là công tác kiểm soát thị trường, đảm bảo vệ sinh an toàn thực phẩm luôn được các sở Công Thương, Nông nghiệp và Phát triển nông thôn chỉ đạo các lực lượng chức năng thường trực kiểm tra, hướng dẫn đơn vị quản lý chợ, hộ kinh doanh tại chợ thực hiện các quy định của pháp luật.

Tại 5 khu vực có quy hoạch chợ đầu mối đã được các sở, ngành liên quan, UBND các huyện xác định vị trí cụ thể, đưa vào quy hoạch phân khu đô thị, quy hoạch chung của huyện và các quy hoạch khác có liên quan để tạo điều kiện cho nhà đầu tư thực hiện dự án khi có nhà đầu tư đề xuất dự án.

Theo Sở Công Thương, nhu cầu tiêu thụ nông sản thực phẩm trên địa bàn thành phố Hà Nội hiện nay khoảng 400 tấn thịt lợn/ngày, 170 tấn thịt gà, vịt/ngày, 1.000 tấn thủy, hải sản/ngày, 2.800 tấn rau, củ, quả/ngày. Trong khi đó, lượng hàng hóa lưu thông qua 2 chợ đầu mối chỉ đạt khoảng 80 tấn thịt lợn/ngày, 30 tấn thịt gà, vịt/ngày; 70 tấn thủy, hải sản/ngày, 420 tấn rau, củ, quả/ngày, đảm bảo khoảng 14% nhu cầu tiêu thụ toàn thành phố.

Thực tế các chợ đầu mối trên địa bàn thành phố đảm nhận 3 chức năng, tuy nhiên, việc kết nối giữa chợ đầu mối và chợ dân sinh còn hạn chế. Đặc biệt, đối với loại hàng hóa là rau, củ, quả: Phần lớn rau, củ, quả được người dân từ các tỉnh chở trực tiếp đến bán tại các chợ. Do còn hạn chế trong công tác khai thác thị trường, quảng bá sản phẩm nên hàng hóa tại chợ đầu mối chưa cung cấp được cho các siêu thị. Phần lớn hàng hóa tại siêu thị được chủ siêu thị mua trực tiếp của các nhà sản xuất có thương hiệu.