Ngay sau khi nắm bắt thông tin, cơ quan công an phường Nghĩa Đô, quận Cầu Giấy đã tạm giữ hình sự và thực hiện các biện pháp tố tụng đối với đối tượng vi phạm. Đây là vụ việc gây bức xúc trong dư luận xã hội. Xét tính chất nghiêm trọng của vụ việc, ngay sáng ngày 7/12/2017, Chủ tịch UBND TP Hà Nội Nguyễn Đức Chung đã có ý kiến chỉ đạo các cơ quan chức năng của quận Cầu Giấy khẩn trương điều tra, sớm có kết luận và xử lý nghiêm các đối tượng vi phạm theo quy định của pháp luật. Đồng thời, có các giải pháp hỗ trợ cháu Khánh kịp thời, hiệu quả.

Cũng trong ngày 7/12/2017, Bộ trưởng Bộ Lao động, Thương binh và Xã hội Đào Ngọc Dung đã đề nghị UBND TP Hà Nội chỉ đạo các cơ quan chức năng của thành phố sớm khởi tố điều tra vụ án bạo hành cháu Trần Nguyên Khánh và quan tâm hỗ trợ cháu Khánh một cách kịp thời.

Hiện nay, cháu Khánh đã về ở với mẹ đẻ và ông bà ngoại tại số 17A phố Phùng Hưng, phường Hàng Mã, quận Hoàn Kiếm.

Trong ngày 7/12/2017, Sở Lao động, Thương binh và Xã hội đã đến gia đình ông bà ngoại cháu Khánh thăm hỏi động viên cháu và gia đình, đã tặng cháu Khánh 3 triệu đồng và nắm bắt nhu cầu của gia đình trong việc trợ giúp cháu Khánh. Hiện tại, gia đình chưa có nhu cầu cụ thể gì đối với cháu Khánh (kể cả về trị liệu tâm lý cũng như các nhu cầu khác).

Sở Lao động, Thương binh và Xã hội cũng đã có văn bản chỉ đạo, giao Phòng Lao động, Thương binh và Xã hội quận Hoàn Kiếm chủ trì phối hợp Phòng Lao động, Thương binh và Xã hội quận Ba Đình, Cầu Giấy và Trung tâm Công tác Xã hội thành phố thường xuyên nắm tình hình, nhu cầu của cháu Khánh và gia đình để xây dựng kế hoạch can thiệp, hỗ trợ cháu Khánh nột cách kịp thời, hiệu quả nhất.