Qua tổng hợp, trên địa bàn thành phố hiện có 1.972 trạm bơm (1.361 trạm bơm tưới, 267 trạm bơm tiêu, 344 trạm bơm tưới và tiêu kết hợp), 15.076 tuyến mương dài 14.202km, 104 hồ chứa nước, 116 bai, đập dâng nước. Ngoài ra, hệ thống trục chính sông Nhuệ dài 113.6km lấy nước trực tiếp từ sông Hồng, cấp nước tưới cho khoảng 43.694ha và tiêu nước cho khoảng 107.000ha cho TP Hà Nội và tỉnh Hà Nam...

Thành phố có hệ thống công trình thủy lợi lớn. Nhưng quá trình nhiều năm đưa vào khai thác, sử dụng đã bị xuống cấp, một số công trình do phát triển đô thị nên đã thay đổi công năng. Trong khi diễn biến thời tiết ngày một cực đoan hơn. Các loại hình thiên tai xảy ra ngày càng nhiều theo chiều hướng cực đoan trên cả nước, trong đó có TP Hà Nội. Thêm vào đó, sau mở rộng địa giới hành chính thành phố có địa bàn rộng, địa hình phức tạp, quy mô hệ thống công trình thuỷ lợi rất lớn.

Hệ thống công trình thủy lợi trên địa bàn thành phố không chỉ đơn thuần phục vụ sản xuất nông nghiệp như các tỉnh, thành phố khác mà còn phục vụ dân sinh, xã hội. Do đó với địa bàn rộng, địa hình phức tạp, công, trình thủy lợi bị chia cắt, chưa đồng bộ, nhiều công trình thủy lợi được xây dựng đã lâu, năng lực thiết kế hạn chế, đặc biệt hơn 40% công trình thủy lợi được xây dựng trước năm 1970, hơn 75% công trình được xây dựng trước năm 1990 nên nhiều trạm bơm bị xuống cấp lạc hậu, kênh mương bị bồi lắng, sạt lở khó đáp ứng được yêu cầu tưới, tiêu nước hiện nay.

Trong thời gian gần đây, tình hình vi phạm Pháp lệnh Khai thác và Bảo vệ công trình thủy lợi diễn ra hết sức nghiêm trọng ở hầu hết các địa phương. Tình trạng lấn chiếm đổ rác, phế thải, vật liệu rắn vào công trình thủy lợi làm cản trở dòng chảy, giảm sút năng lực của hệ thống công trình thủy lợi. Thêm vào đó, tốc độ đô thị hóa nhanh, các khu công nghiệp, đường giao thông phát triển, chia cắt, chắp vá các hệ thống công trình thủy lợi khiến việc tưới, tiêu gặp rất nhiều khó khăn. Việc xả nước thải, chất thải chưa qua xử lý hoặc xử lý chưa đạt tiêu chuẩn chất lượng vào hệ thống công trình thủy lợi rất phức tạp ảnh hưởng lớn tới chất lượng nguồn nước cấp cho sản xuất nông nghiệp. Chất lượng nước tưới tại một số địa phương bị ô nhiễm nặng nề...

Để bảo đảm công trình thủy lợi của thành phố phát triển phục vụ đa mục tiêu, trước mắt cần đẩy nhanh tiến độ thực hiện các dự án: Cụm công trình đầu mối Liên Mạc, Trạm bơm Đông Mỹ, Trạm bơm Yên Thái, Cải tạo, nâng cấp trục sông Nhuệ (từ cống Liên Mạc đến vành đai 4)... Xây dựng chương trình, dự án cải thiện vả giảm thiểu tình trạng ô nhiễm nguồn nước trên sông Đáy, sông Nhuệ. Xây dựng cơ chế phối hợp liên tỉnh, thành phố trong vấn đề chống vi phạm công trình và bảo vệ nguồn nước sông Đáy, sông Nhuệ. Đồng thời, bố trí kinh phí để cải tạo nâng cấp các công trình thủy lợi cấp bách, thực hiện công tác đảm bảo an toàn hồ chứa.