Theo đó, dự án trên chính thức được triển khai từ tháng 11/2004 đến tháng 11/2005 và được gia hạn đến hết 31/12/2009. Đến nay, đã 12 năm (quá hạn 7 năm so với hợp đồng) nhưng việc thu hồi vốn vay của UBND các xã chưa xong. Tính đến ngày 31/3/2017 có 7/9 UBND xã trả một phần vốn vay; 13/75 hộ đã trả hết vốn vay; 20/75 hộ đã trả một phần vốn vay; 42/75 hộ chưa trả; số tiền thu được là 317,5 triệu đồng trong tổng số hơn 2 tỷ đồng bằng 15,7%, như vậy số tiền còn phải thu hồi hơn 1,7 tỷ đồng. Nguyên nhân thu hồi vốn gặp khó khăn do các hộ phải thực hiện gián tiếp qua UBND xã nhưng chính quyền địa phương chưa quyết liệt thực hiện việc thu hồi vốn vay nên Trung tâm Phát triển chăn nuôi Hà Nội hối thúc nhiều lần kết quả thu hồi được vẫn rất thấp.

Mặt khác, UBND huyện, UBND xã triển khai dự án có sự thay đổi bộ máy lãnh đạo tại địa phương, chưa quan tâm tới việc thu hồi vốn vay nên việc triển khai thu hồi kinh phí của dự án kéo dài và gặp khó khăn. Đối với hộ chăn nuôi vay vốn, do thời điểm triển khai dự án giá sữa xuống thấp, người chăn nuôi bị thua lỗ nên gây khó khăn cho việc trả nợ vốn vay. Nhiều hộ ý thức chấp hành chưa cao, có tư tưởng trông chờ, ỷ lại vào sự hỗ trợ của nhà nước. Kinh tế gia đình của nhiều hộ gặp khó khăn hoặc đã chuyển khỏi địa phương sinh sống... nên chưa trả nợ vốn vay.

Trước thực trạng trên, Trung tâm Phát triển chăn nuôi Hà Nội tham mưu Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn đề xuất UBND thành phố tiếp tục có văn bản chỉ đạo UBND huyện, UBND xã có vay vốn thực hiện đúng cam kết khi đề xuất vay vốn. Đồng thời, chỉ đạo các đơn vị thuộc Sở phối hợp với Trung tâm Phát triển chăn nuôi Hà Nội có các giải pháp dứt điểm để triển khai việc thu hồi vốn dự án ngân hàng bò sữa đạt kết quả, đảm bảo theo đúng tiến độ; giải quyết dứt điểm việc hỗ trợ hộ chăn nuôi có bò sữa tham gia dự án bị chết vì lý do bất khả kháng theo quy định.

Liên quan đến nhiệm vụ trên, UBND huyện chỉ đạo UBND xã có biện pháp cưỡng chế, thu hồi vốn vay của các hộ còn lại theo quy định; có biện pháp xử lý nghiêm đối với UBND xã không giải quyết dứt điểm nội dung trên. Các xã khẩn trương thực hiện các biện pháp thu hồi vốn vay và trả vốn vay dự án. Quy rõ trách nhiệm và phải có biện pháp xử lý vi phạm hợp đồng của các hộ chăn nuôi; phát mại tài sản thế chấp, sử dụng các biện pháp cưỡng chế, xử lý trách nhiệm thông qua tài sản thế chấp của hộ chăn nuôi với UBND xã để thu hồi vốn vay đối với những hộ vi phạm hợp đồng theo quy định…