Sau 6 năm thực hiện xây dựng NTM, hiện nay, cả nước có 2.235 xã, chiếm 25,07% số xã, 30 đơn vị cấp huyện được công nhận đạt chuẩn NTM, bình quân cả nước đạt 13,45 tiêu chí/xã. Tuy nhiên, việc triển khai chương trình xây dựng NTM đã có một số khó khăn, bất cập. Để tăng cường hiệu lực, hiệu quả, bền vững mục tiêu về xây dựng NTM, Thủ tướng Chính phủ yêu cầu các Bộ, ngành, UBND các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương khẩn trương tập trung chỉ đạo thực hiện một số nội dung trọng tâm sau:

Nâng cao hơn nữa nhận thức vai trò, trách nhiệm của cấp ủy, chính quyền các cấp và cả hệ thống chính trị, nhất là vai trò người đứng đầu trong xây dựng NTM, phải xác định NTM phải là nông thôn của khát vọng khởi nghiệp, làm giàu, thu hút các nguồn lực  phát triển và lan tỏa các giá trị bền vững; tránh bệnh phô trương chạy theo thành tích.

Rà soát lại tất cả các cơ chế, chính sách để thực hiện Chương trình một cách hiệu quả; có các cơ chế thích hợp và đủ mạnh để thực sự khuyến khích việc ứng dụng khoa học - công nghệ, huy động nguồn lực, thu hút doanh nghiệp, đào tạo nhân lực đầu tư vào địa bàn nông thôn, phát triển sản xuất kinh doanh trong nông nghiệp, công nghiệp, dịch vụ; chú trọng công nghiệp chế biến nông sản và công nghiệp thu dụng nhiều lao động nhằm chuyển dịch cơ cấu lao động và kinh tế nông thôn.

Chỉ đạo thực hiện phát triển sản xuất nông nghiệp, cơ cấu lại ngành nông nghiệp gắn với xây dựng NTM và quá trình đô thị hóa một cách hợp lý, phù hợp với tình hình thực tiễn từng vùng, miền.

Đối với việc thực hiện Bộ tiêu chí NTM, từng địa phương phải xác định rõ tiêu chí trọng tâm để tập trung chỉ đạo, trong đó, cần tập trung vào các tiêu chí nhằm khắc phục triệt để tình trạng ô nhiễm môi trường đang có chiều hướng gia tăng; quan tâm đến các tiêu chí về đời sống người dân, giảm nghèo, nâng cao thu nhập, an toàn vệ sinh thực phẩm, an ninh, an toàn xã hội; bảo tồn và phát huy các giá trị văn hóa của vùng, miền, sự vững mạnh của hệ thống chính trị; xây dựng mô hình NTM kiểu mẫu gắn liền với đô thị văn minh; tăng cường các giải pháp để bảo đảm hỗ trợ các huyện, xã khó khăn có số tiêu chí đạt còn thấp.

Tiếp tục đa dạng hóa các nguồn vốn để thực hiện Chương trình, gắn kết chặt chẽ giữa Chương trình mục tiêu quốc gia xây dựng NTM với Chương trình mục tiêu quốc gia giảm nghèo bền vững và các chương trình mục tiêu, các dự án hỗ trợ khác trên địa bàn; về nguồn vốn ngân sách Trung ương, ngoài nguồn vốn đã được Quốc hội bố trí, trong quá trình thực hiện tranh thủ các nguồn lực khác, kể cả vốn vay quốc tế để tăng thêm cho Chương trình; huy động vốn đầu tư của doanh nghiệp đối với các công trình có khả năng thu hồi vốn trực tiếp; tăng cường các hình thức hợp tác công tư và xã hội hóa để thu hút đầu tư và bảo vệ ,xử lý môi trường, giao thông nông thôn, hạ tầng thương mại, cung cấp nước sạch, dịch vụ văn hóa - thể thao; công khai các khoản đóng góp của dân theo nguyên tắc tự nguyện và do HĐND cấp xã thông qua.

Tăng cường công tác kiểm tra, giám sát trong xây dựng NTM; tiếp tục phat huy vai trò giám sát và phản biện xã hội của MTTQ, các tổ chức chính trị - xã hội và giám sát của cộng đồng dân cư đối với xây dựng NTM. Định kỳ, tổ chức điều tra về sự hài lòng của người dân đối với tiến độ và kết quả thực hiện xây dựng NTM trên địa bàn.

Các Bộ, ngành, địa phương rà soát, xác định chính xác số nợ đọng xây dựng NTM của Chương trình xây dựng NTM. Ưu tiên bố trí vốn thanh toán nợ đọng trước khi bố trí vốn cho các dự án khởi công mới; xây dựng kế hoạch, lộ trình xử lý dứt điểm trước năm 2019, không để phát sinh nợ đọng xây dựng cơ bản mới. Riêng các địa phương tự cân đối ngân sách, phải chủ động sử dụng ngân sách địa phương để cơ bản xử lý dứt điểm số nợ đọng trước tháng 6/2018. Bổ sung tiêu chí về nợ đọng xây dựng cơ bản trong việc thẩm định và xét công nhận địa phương đạt chuẩn NTM. Kiểm điểm, xử lý nghiêm trách nhiệm cá nhân người đứng đầu nếu tiếp tục để xảy ra tình trạng huy động quá sức dân, nợ đọng xây dựng cơ bản sai quy định trong thực hiện Chương trình.