Ngay khi phát hiện vi phạm, các Hạt Quản lý đê thuộc Chi cục Đê điều và Phòng chống lụt bão Hà Nội đã lập biên bản vi phạm và ra quyết định tạm đình chỉ hành vi vi phạm pháp luật về đê điều đối với các vụ vi phạm nêu trên và gửi tới chính quyền cơ sở để xử lý theo thẩm quyền. Ngoài ra, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, UBND thành phố và Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn đã có văn bản chỉ đạo, đôn đốc, kiến nghị xử lý nghiêm vi phạm.
Đối với vi phạm tồn đọng, Chi cục Đê điều và Phòng chống lụt bão Hà Nội đã đề nghị UBND các quận, huyện, thị xã: Ba Vì, Sơn Tây, Phúc Thọ, Đan Phượng, Bắc Từ Liêm, Hoàng Mai, Thường Tín, Phú Xuyên, Đông Anh, Gia Lâm... chỉ đạo xử lý các trường hợp vi phạm tập kết, trung chuyển vật liệu xây dựng có diện tích và chiều cao lớn trong chỉ giới thoát lũ sông Đà, sông Hồng, sông Đuống…
Với vi phạm nghiêm trọng, nổi cộm, Chi cục đã đề nghị chính quyền các cấp tiếp tục xử lý: Vi phạm xây dựng công trình kiên cố trong phạm vi bảo vệ đê (mặt đê, mái đê và 5m chân đê) còn tồn đọng nhiều trên tuyến đê tả Đáy, địa bàn huyện Ứng Hòa và tuyến đê hữu Cầu, tả Cà Lồ, huyện Sóc Sơn; vi phạm tại khu vực ngõ 464 Âu Cơ, khu vực bãi đá sông Hồng, phường Nhật Tân, quận Tây Hồ; vi phạm tại địa bàn xã Dương Hà, huyện Gia Lâm (Trên khu đất có diện tích 65.000m2 ở sát bờ sông Đuống, Công ty TNHH Việt Anh vi phạm đổ đất trạt, phế thải với khối lượng đặc biệt lớn, san lấp lấn chiếm bờ bãi sông, lòng sông, xây dựng lều lán, tường chắn ngang bãi sông, lắp đặt 4 trạm trộn bê tông); vi phạm tại phường Giang Biên, quận Long Biên (Khu vực này là điển hình cho tình trạng mở bến bãi tập kết, trung chuyển vật liệu xây dựng không phép; vi phạm của Công ty cổ phần Sinh thái Nắng Sông Hồng tại phường Bồ Đề, quận Long Biên (Liên tục từ năm 2012 đến năm 2014 xây dựng mới công trình trái phép ở bãi, trong chỉ giới thoát lũ sông Hồng với quy mô lớn); vi phạm trên địa bàn huyện Đan Phượng (Lò gạch ở khu vực bãi giữa sông Hồng tương ứng K45+500 và K47 đê hữu Hồng; để tre, gỗ, nứa lá kinh doanh trên đê hữu Hồng, đê bao Liên Trung)...
