Tháng 6/1949, đồng chí Trần Quốc Hoàn được chỉ định làm Bí thư Đặc khu uỷ Hà Nội. Đồng chí Khuất Duy Tiến, Nguyễn Văn Phương là Uỷ viên Thường vụ. Chấp hành chỉ thị của Trung ương Đảng về nhiệm vụ chuẩn bị chiến trường Thủ đô, tiến tới tổng phản công, đặc khu uỷ Hà Nội đã lãnh đạo và phục vụ cho việc xây dựng các chủ trương quân sự lớn của Trung ương; phát triển mạnh mẽ đảng viên, tăng cường công tác cán bộ, nâng cao trình độ tổ chức, củng cố chi bộ cơ sở (đến tháng 3/1950, toàn thành phố có 3138 đảng viên), xây dựng, phát triển rộng khắp lực lượng chính trị và lực lượng vũ trang cả nội và ngoại thành.

Từ giữa năm 1950, địch tăng cường khủng bố Hà Nội, cơ sở Đảng và quần chúng bị vỡ liên tiếp. Cuộc kháng chiến ở Hà Nội bị tổn thất khá nặng nề. Tương quan lực lượng giữa ta và địch chưa tạo điều kiện để quân dân Thủ đô nổi dậy, phối hợp với quân chủ lực tổng phản công. Do đó, từ tháng 12/1950 Đảng bộ Hà Nội không cón tên gọi Đặc khu uỷ.