Theo đó, ngành Y tế sẽ đẩy mạnh việc nghiên cứu ứng dụng các thành tựu khoa học kỹ thuật và công nghệ cao trong y học hiện đại (công nghệ gen, công nghệ tế bào, công nghệ sinh học phân tử, ghép tạng, phẫu thuật nội soi...) ứng dụng các kỹ thuật mới, tiên tiến nhằm nâng cao năng lực chẩn đoán, điều trị người bệnh và chăm sóc, bảo vệ sức khỏe cộng đồng. Nghiên cứu, tổng kết thực tiễn, đề xuất các mô hình, giải pháp phòng, chống và điều trị các bệnh dịch nguy hiểm phổ biến ở Hà Nội. Nghiên cứu mô hình và các giải pháp tăng cường chăm sóc, bảo vệ sức khỏe bà mẹ, trẻ em và người cao tuổi. Nghiên cứu nâng cao hiệu quả quản lý nhà nước về y tế trong lĩnh vực: Dược phẩm, vệ sinh an toàn thực phẩm, vệ sinh môi trường, kinh tế y tế, nâng cao năng lực hoạt động y tế cơ sở, nâng cao chất lượng khám chữa bệnh, cải tiến chất lượng bệnh viện...
Sở Y tế phân cấp hoạt động nghiên cứu khoa học cho các đơn vị trong ngành; thành lập Hội đồng đạo đức trong nghiên cứu y sinh của ngành để phê duyệt các khía cạnh đạo đức y học trong việc triển khai các đề tài mà đối tượng nghiên cứu là con người, đặc biệt là các đề tài thử nghiệm lâm sàng về thuốc, về áp dụng các kỹ thuật mới trên người. Các đơn vị trong ngành thành lập Hội đồng khoa học kỹ thuật, duyệt các đề cương nghiên cứu và đánh giá các kết quả nghiên cứu; Đăng ký Đề tài nghiên cứu khoa học hàng năm trình Hội đồng phê duyệt.
