Trong 5 năm qua, trong phạm vi lưu vực sông Nhuệ - sông Đáy, thành phố Hà Nội đã tập trung triển khai các nội dung thuộc Đề án tổng thể bảo vệ môi trường lưu vực sông Nhuệ - sông Đáy nhằm cải thiện chất lượng môi trường lưu vực sông như: Xây dựng kế hoạch tổng thể triển khai Đề án sông Nhuệ - sông Đáy trên địa bàn thành phố Hà Nội đến năm 2015 và đến năm 2020 phù hợp với chương trình của 4 tỉnh (Hòa Bình, Hà Nam, Nam Định và Ninh Bình) để tổ chức thực hiện đồng bộ trên toàn lưu vực sông Nhuệ - sông Đáy.

Cùng với đó, triển khai thực hiện đồng bộ một số công việc trọng tâm như: Khảo sát, đánh giá hiện trạng chất lượng nguồn nước lưu vực sông Nhuệ - sông Đáy, lắp đặt thiết bị Camera giám sát thường xuyên dòng chảy tại đập Thanh Liệt (huyện Thanh Trì) và triển khai lắp đặt 2 trạm quan trắc tự động môi trường nước đối với sông Nhuệ, sông Đáy tại xã Phụng Châu, huyện Chương Mỹ và xã Tả Thanh Oai, huyện Thanh Trì. Năm 2012, thành phố đã hoàn thành dự án đo đạc hiện trạng và cắm mốc giới hành lang bảo vệ lưu vực sông Nhuệ thuộc địa bàn thành phố (tổng khối lượng thực tế là 900ha).

Thành phố đã phê duyệt chỉ giới hành lang bảo vệ công trình thủy lợi sông Nhuệ, tỷ lệ 1/500 tại các quận Bắc Từ Liêm, Nam Từ Liêm, Hà Đông và các huyện Thanh Trì, Thanh Oai, Thường Tín, Phú Xuyên, Ứng Hòa. Đã công bố công khai hồ sơ chỉ giới hành lang bảo vệ công trình thủy lợi sông Nhuệ và bàn giao tài liệu cho UBND các quận, huyện để quản lý và thực hiện công khai tại địa phương. Bên cạnh đó, hoàn thành công tác điều tra, đánh giá hiện trạng các nguồn thải lỏng đổ vào lưu vực sông Nhuệ - sông Đáy (trên địa bàn các quận, huyện: Phúc Thọ, Đan Phượng, Quốc Oai, Thanh Oai, Ứng Hòa, Mỹ Đức, Bắc Từ Liêm, Nam Từ Liêm, Thanh Trì, Hà Đông, Thường Tín, Phú Xuyên).