Theo đó, trên địa bàn huyện có 11.388 hộ chăn nuôi, trong đó, có 40 trang trại chăn nuôi quy mô lớn, sản xuất theo hướng hàng hóa với tổng đàn từ 50 con trâu và bò, 50 lợn nái trở lên, 500 lợn thịt, 10.000 gia cầm trở lên; khoảng 300 gia trại chăn nuôi thường xuyên từ 10 con trâu và bò, 30 con lợn, 1.000 con gia cầm trở lên. Các trang trại, gia trại này chủ yếu chăn nuôi ngoài khu dân cư theo vùng quy hoạch sản xuất. Qua rà soát, trên địa bàn huyện Mê Linh có 11 trang trại, gia trại chăn nuôi đã có kế hoạch bảo vệ môi trường theo quy định tại Nghị đình 18/2015/NĐ-CP của Chính phủ và 40 trang trại đã có công trình xử lý chất thải chăn nuôi, chiếm tỷ lệ 100% trang trại. Theo số liệu báo cáo từ các xã, thị trấn, toàn huyện có 3.389/11.388 hộ xây dựng công trình khí sinh học xử lý môi trường (chiếm tỷ lệ 29,75%).

Nhằm hạn chế tối đa nguy cơ ô nhiễm môi trường trong chăn nuôi và phát triển theo hướng bền vững, năm 2017, huyện Mê Linh phê duyệt Đề án phát triển chăn nuôi giai đoạn 2017-2019, Theo đó, huyện thực hiện hỗ trợ một lần sau đầu tư 50% chi phí lắp đặt hầm Biogas composite cho hộ chăn nuôi ngoài khu dân cư thường xuyên nuôi từ 10 con trâu và bò, 10 con lợn sinh sản hoặc 30 con lợn thương phẩm trở lên nhưng không vưọt quá 4,5 triệu đồng/hầm/hộ gia đình. Hỗ trợ chế phẩm sinh học vi sinh làm đệm lót xử lý môi trường cho hộ chăn nuôi ngoài khu dân cư thường xuyên từ 1.000 con gia cầm, thủy cầm trở lên. Hỗ trợ sau đầu tư đến 50% chi phí mua máy làm giàu ô xy cho các ao, hồ nuôi thủy sản có diện tích hồ nuôi từ 1ha trở lên, nhưng không vượt quá 15 triệu đồng/ha/hộ. Hỗ trợ khu xử lý nước thải cho khu chăn nuôi tập trung xa khu dân cư tại xã Liên Mạc với quy mô xử lý cho khoảng 6.500 con gia súc.

Để ngành chăn nuôi phát triển theo hướng bền vững, giảm thiểu ô nhiễm môi trường, huyện Mê Linh vừa đề nghị sở, ngành liên quan tham mưu HĐND, UBND TP Hà Nội bổ sung thêm vùng được hưởng chính sách hỗ trợ theo Nghị quyết số 25/2013/NQ-HĐND ngày 4/12/2013 của HĐND thành phố. Đồng thời, có cơ chế hỗ trợ đối với xã chăn nuôi trọng điểm và vùng chăn nuôi tập trung. Hỗ trợ lãi suất vay ngân hàng cho cơ sở, hộ gia đình, trang trại sản xuất thuộc các xã chăn nuôi trọng điểm hoặc vùng sản xuất tập trung.