Theo đó, hệ thống kênh do Công ty TNHH MTV Đầu tư phát triển thủy lợi sông Nhuệ quản lý: Trục chính có chiều dài 74km thuộc hệ thống sông Nhuệ, trong đó, tuyến đê sông Nhuệ đoạn từ cống Liên Mạc tới K30+800, đoạn đê này đa phần đi qua khu vực đô thị, có đoạn vừa là đê vừa là đường giao thông nội đô; những đoạn là đê đất nhiều năm chưa được cải tạo, nâng cấp nên cao trình mặt đê một số đoạn không còn đủ như thiết kế ban đầu, nhiều vị trí bị sạt lở, lún nứt ảnh hưởng đến công tác phòng, chống thiên tai và giao thông đi lại của nhân dân...

Đối với lòng dẫn thuộc hệ thống sông Nhuệ có chiều dài 74km, đoạn dưới Hà Đông từ K30+800 đến hết hệ thống đã được nạo vét trong dự án nâng cấp trục chính hệ thống thủy lợi sông Nhuệ đảm bảo thông thoáng dòng chảy hỗ trợ tích cực cho việc tiêu thoát nước của khu vực phía trên cống Hà Đông đã bị quá tải về tiêu trong nhiều năm nay; Nhiều đoạn nhiều năm chưa được nạo vét, lòng sông bồi lắng cao hơn thiết kế...

Tương tự, với sông Vân Đình có chiều dài 11,8km, thuộc hệ thống Sông Nhuệ, hiện nay, đoạn đầu sông Vân Đình từ K0 đến K1+463 đã được UBND thành phố đầu tư nạo vét lòng dẫn đảm bảo thông thoáng. Tuy nhiên, một số đoạn bị sạt lở nghiêm trọng.

Sông Duy Tiên có chiều dài 21km, bắt nguồn từ sông Nhuệ tại K57+450 bờ tả và kết thúc tại cống Điệp Sơn. Hiện nay, UBND thành phố đã đầu tư cho nạo vét đoạn từ K0 đến K5+451 đảm bảo thông thoáng. Đoạn còn lại chưa được nạo vét. Hiện tại, một số gầm cầu bị bồi lắng từ 0,7 đến 0,9m gây cản trở, thu hẹp dòng chảy sông. Cũng trên sông Duy Tiên, một số đoạn bị sạt lở chân, mái, thân đê và kênh mương nội đồng xảy ra sự cố, xuống cấp, hư hỏng, bồi lắng…, cần quan tâm đầu tư.

Đối với kênh thuộc Công ty TNHH MTV Đầu tư phát triển thủy lợi Hà Nội quản lý là 7.579 tuyến kênh mương với tổng chiều dài hơn 4.668km. Các kênh ổn định đảm bảo cho công tác vận hành. Tuy nhiên, do nhiều tuyến kênh được đưa vào sử dụng đã lâu nên có hư hỏng nhỏ cần được sửa chữa, nạo vét.

Các kênh mương do Công ty TNHH MTV Đầu tư phát triển thủy lợi sông Đáy quản lý 9.666 tuyến kênh mương với tổng chiều dài hơn 5.991km cơ bản ổn định phục vụ sản xuất và phòng chống thiên tai. Một số tuyến kênh chính có một vài hư hỏng như:  Kênh chính Đan Hoài (huyện Đan Phượng, Hoài Đức và quận Hà Đông); kênh chính TB Tiên Tân (huyện Đan Phượng và Hoài Đức); kênh tiêu T2 (huyện Đan Phượng và Hoài Đức); kênh tưới trạm bơm Hạ Dục, kênh tiêu T4 (huyện Chương Mỹ); kênh tưới chính An Mỹ (huyện Mỹ Đức).

Các công trình trên tuyến một số cống bị sập hỏng; một số các tuyến kênh khác hiện nay bị bồi lắng lòng kênh do lâu năm không được đầu tư nạo vét... bị xuống cấp, hư hỏng, sự cố cần được quan tâm đầu tư.

Hệ thống sông, kênh do Công ty TNHH MTV Thủy lợi sông Tích quản lý 12.000 tuyến kênh mương với tổng chiều dài hơn 5.817km. Trong đó, tuyến kênh chuyển chung Suối Hai thuộc huyện Ba Vì chiều dài gần 1,5km, bờ tả nhiều vị trí thấp cục bộ, còn bờ hữu ổn định nhưng đáy kênh một số vị trí bị bồi lắng cục bộ, mái kênh đoạn đầu kênh bị bong, sạt lở phần đá lát khan, cần được tu bổ sửa chữa để công trình đảm bảo an toàn phục vụ sản xuất… Kênh chính Tây (huyện Ba Vì) dài gần 6,4km, kênh bê tông, một số vị trí tấm lát bị bong mạch nhiều, có hiện tượng nước rò rỉ qua mái kênh. Kênh chính Bông (huyện Ba Vì) dài gần 7,4km lòng kênh cơ bản được nạo vét thông thoáng…