Hiện nay, trên địa bàn thành phố có 18 khu công nghiệp (KCN) với tổng diện tích theo quy hoạch gần 3.441ha, trong đó: 9 KCN tập trung đã đi vào hoạt động với diện tích 1.271ha và khoảng 618 doanh nghiệp thứ phát đang hoạt động sản xuất kinh doanh. Đã có 9/9 KCN có nhà máy xử lý nước thải tập trung đưa vào hoạt động chính thức và vận hành thử là KCN: Bắc Thăng Long, Nội Bài, Quang Minh I, Nam Thăng Long, Hà Nội - Đài Tư, Phú Nghĩa, Thạch Thất - Quốc Oai. Ngoài ra, KCN Sài Đồng B và Khu Công viên công nghệ thông tin Hà Nội đã hoàn thành xây dựng và lắp đặt thiết bị trạm xử lý nước thải, đã hoàn thiện việc đấu nối nước thải từ khu công nghiệp Sài Đồng B vào trạm xử lý nước thải tập trung.

Trên địa bàn thành phố có 89 cụm công nghiệp (CCN) đang hoạt động, trong đó 43 CCN đã hoạt động ổn định, 46 CCN đã hoàn thành đầu tư hạ tầng, đang thu hút các doanh nghiệp vào tổ chức, kinh doanh. Hiện nay, đối với 43 cụm công nghiệp trên địa bàn thành phố Hà Nội đã đi vào hoạt động ổn định, có 25 CCN đã và đang được đầu tư xây dựng trạm xử lý nước thải (XLNT). Trong đó, có 10 CCN do chủ đầu tư CCN thực hiện, 15 CCN thuộc Đề án đầu tư xây dựng hệ thống xử lý nước thải tập trung tại các CCN trên địa bàn TP Hà Nội giai đoạn 2014-2015 và 18 CCN chưa đầu tư xây dựng trạm XLNT.

Để xử lý nước thải tại 18 CCN chưa được đầu tư xây dựng trạm XLNT, thành phố đã giao Công ty cổ phần Đầu tư xây dựng và Thương mại Phú Điền lập hồ sơ đề xuất dự án đầu tư xây dựng hệ thống thu gom xử lý nước thải và quản lý vận hành các trạm xử lý nước thải tại các CCN trên địa bàn thành phố và giao Sở Tài chính chủ trì phối hợp với các sở liên quan hoàn thiện phương án tài chính đối với việc thuê, sử dụng dịch vụ xử lý nước thải tại các CCN trên địa bàn thành phố đúng pháp luật, phù hợp thực tế báo cáo UBND thành phố. Hiện nay, Công ty cổ phần Đầu tư xây dựng và Thương mại Phú Điền đang lập hồ sơ đề xuất dự án để trình phê duyệt theo quy định.

Bên cạnh đó, các sở, ngành thành phố cũng đã triển khai các chương trình quan trắc, phân tích môi trường, giám sát việc chấp hành pháp luật bảo vệ môi trường tại các khu, cụm công nghiệp trên địa bàn thành phố; đồng thời, yêu cầu các chủ đầu tư hạ tầng các khu, cụm công nghiệp có nguồn xả thải lớn phải lắp đặt trạm quan trắc môi trường tự động khớp nối và truyền dữ liệu về Sở Tài nguyên và Môi trường để giám sát.