Theo đó, Ban Quản lý Phố cổ Hà Nội là đơn vị sự nghiệp có nguồn thu tự đảm bảo một phần chi phí hoạt động thường xuyên, phần còn lại được ngân sách Nhà nước cấp; có tư cách pháp nhân, được sử dụng con dấu riêng và mở tài khoản kho bạc, ngân hàng. Ban Quản lý Phố cổ Hà Nội chịu sự quản lý trực tiếp của UBND quận Hoàn Kiếm và sự hướng dẫn về chuyên môn, nghiệp vụ của các sở, ngành Thành phố có liên quan.

Ban Quản lý Phố cổ Hà Nội giúp UBND quận Hoàn Kiếm thực hiện công tác quản lý, bảo tồn, tôn tạo, phát huy giá trị khu phố cổ Hà Nội (đã được xếp hạng Di tích lịch sử Quốc gia) theo đúng quy định của Luật Di sản văn hóa và quy hoạch, kế hoạch đã được phê duyệt của cơ quan nhà nước có thẩm quyền.

Cơ cấu tổ chức của Ban Quản lý Phố cổ Hà Nội gồm Trưởng ban là Chủ tịch UBND quận Hoàn Kiếm (kiêm nhiệm) và 02 Phó Trưởng ban (trong đó có 01 Phó Trưởng ban thường trực); Các phòng chuyên môn, nghiệp vụ trực thuộc gồm: Phòng Hành chính - Tuyên truyền và hợp tác quốc tế; Phòng Quy hoạch - Kiến trúc và Nghiên cứu khoa học; Phòng Quản lý dự án.

Biên chế của Ban Quản lý Phố cổ Hà Nội do UBND quận Hoàn Kiếm quyết định trong tổng số biên chế hành chính - sự nghiệp của quận được UBND thành phố Hà Nội giao hàng năm và được HĐND quận quyết nghị. Trên cơ sở Đề án vị trí việc làm, Ban Quản lý Phố cổ Hà Nội xây dựng kế hoạch sử dụng biên chế viên chức, số lượng lao động hợp đồng, quỹ tiền lương, tiền công của đơn vị trình UBND quận Hoàn Kiếm (qua Phòng Nội vụ) thẩm định, tổng hợp báo cáo UBND Thành phố theo quy định.