Cụ thể, số kết luận thanh tra còn phải tổ chức thực hiện còn lớn (623 kết luận, bằng 17,36% tổng số kết luận thanh tra), đặc biệt còn 60/63 kết luận của Thanh tra Thành phố chưa thực hiện xong, đang được theo dõi, đôn đốc và kiểm tra thực hiện. Trong đó, còn 109 tập thể (17,1%) và 7 cá nhân (3,3%) chưa xử lý hành chính theo kiến nghị của thanh tra và còn 51,27% số tiền đề nghị xử lý khác về kinh tế chưa được thực hiện (128,2 tỷ đồng).

Ngoài ra, một số đơn vị thực hiện chậm các kết luận, kiến nghị của thanh tra như: Quận Ba Đình chưa thực hiện thu hồi tiền sai phạm; huyện Thanh Trì chưa thực hiện kiến nghị xử lý khác về kinh tế và mới chỉ thu hồi được 5,5% số tiền sai phạm về kinh tế; thị xã Sơn Tây mới thu hồi được 3,3% số tiền sai phạm về kinh tế và mới xử lý được 53,5% số tiền đề nghị xử lý khác về kinh tế; huyện Phú Xuyên chưa thực hiện thu hồi diện tích đất sai phạm... Việc xử lý, phản hồi thông tin về kết quả xử lý các vụ việc có dấu hiệu cấu thành tội phạm do cơ quan thanh tra kiến nghị khởi tố chậm, chưa đầy đủ. Việc theo dõi, thống kê tình hình thực hiện kết luận thanh tra giữa các sở, ngành, UBND các quận, huyện, thị xã còn chưa thống nhất về tiêu chí, cách thức tổng hợp nên khó khăn trong theo dõi, đôn đốc, thông tin báo cáo giữa các đơn vị không trùng khớp.

Nguyên nhân của những tồn tại trên là do các quy định của pháp luật và chế tài trong việc xử lý những trường hợp chậm thực hiện các kết luận, kiến nghị thanh tra còn bất cập, thiếu các chế tài cụ thể và đủ mạnh (cưỡng chế thu hồi tài sản, phong tỏa tài khoản,...) để xử lý các trường hợp chây ỳ, cố tình không thực hiện kết luận thanh tra. Công tác lãnh đạo, chỉ đạo của một số đơn vị trong tổ chức thực hiện kết luận, kiến nghị thanh tra còn chưa được quan tâm đúng mức. Một số đơn vị chưa nghiêm túc thực hiện kiểm điểm, xử lý trách nhiệm theo kết luận của thanh tra, hoặc nếu có tổ chức thực hiện thì còn mang tính hình thức.

Công tác phối hợp giữa các đơn vị liên quan trong tổ chức thực hiên các kết luận, kiến nghị thanh tra có nơi, có lúc còn chưa chặt chẽ, thiếu kịp thời (phối hợp trong xác định tiền sử dụng trong trường hợp điều chỉnh quy hoạch, xử lý trật tự xây dựng, vi phạm đất đai...). Công tác phối hợp trong triển khai kết luận, kiến nghị thanh tra có đơn vị còn chưa tốt, chưa phân rõ đầu mối theo dõi, tổng hợp chung nên kết quả thực hiện các kết luận, kiến nghị của thanh tra còn hạn chế.

Để khắc phục những hạn chế này, Ban Kinh tế-Ngân sách đã kiến nghị UBND TP chỉ đạo các cơ quan, đơn vị liên quan tổ chức triển khai thực hiện hoàn thành xong, dứt điểm các kết luận, kiến nghị thanh tra giai đoạn 2016-2018 còn tồn tại. Đối với những đơn vị cố tình không thực hiện, đề nghị chỉ đạo thanh tra công vụ và xử lý trách nhiệm cụ thể.