Theo đánh giá của Ban Kinh tế - Ngân sách, mặc dù Thành phố đã xây dựng và phát triển được 65 chuỗi liên kết từ sản xuất đến tiêu thụ sản phẩm nông nghiệp an toàn, hình thành và phát triển một số vùng sản xuất tập trung, từng bước hình thành thói quen tiêu thụ sản phẩm sạch, an toàn nhưng còn một số hạn chế, vấn đề cần quan tâm như: Thành phố chưa có chính sách đồng bộ, riêng về khuyến khích phát triển chuỗi giá trị trong sản xuất, phân phối sản phẩm nông nghiệp mà chủ yếu hiện nay đang vận dụng các cơ chế, chính sách hiện có để áp dụng cho việc triển khai và phát triển các chuỗi giá trị.

Một số nội dung hỗ trợ, khuyến khích phát triển nông nghiệp của Thành phố gặp nhiều khó khăn trong thực hiện, kết quả rất hạn chế (ví dụ như chính sách hỗ trợ lãi suất vốn vay phát triển sản xuất); Tỷ trọng sản phẩm nông nghiệp được sản xuất, phân phối tiêu thụ qua chuỗi giá trị còn thấp, hiện nay mới chiếm tỷ trọng dưới 10% tổng lượng sản phẩm nông nghiệp tiêu thụ tại thị trường Hà Nội. Trên thực tế, sản phẩm nông nghiệp của Hà Nội đảm bảo sạch, rõ nguồn gốc xuất xứ, thương hiệu, đáp ứng điều kiện, tiêu chuẩn của nhà cung ứng, phân phối không nhiều hoặc có nhưng sản lượng rất ít (sản xuất nhỏ lẻ, manh mún) nên không thể tham gia vào hệ thống chuỗi cung ứng tại một số siêu thị trong nước hoặc phục vụ xuất khẩu. Trong khi đó, khả năng huy động vốn, tiếp cận nguồn vốn vay để đầu tư phát triển sản xuất, kinh doanh, việc tiếp cận và tích tụ đất đai của doanh nghiệp, HTX tham gia phát triển chuỗi còn khó khăn, hạn chế dẫn đến việc mở rộng, phát triển các chuỗi giá trị còn chậm và ít; Công tác thông tin tuyên truyền, phát triển các kênh giới thiệu tiêu dùng sạch đến người tiêu dùng còn chưa sâu rộng, chưa đa dạng nên nhận thức, thói quen tiêu dùng về tiêu thụ sản phẩm nông nghiệp đảm bảo chất lượng, an toàn còn chưa đầy đủ...

Trên cơ sở kết quả khảo sát, Ban Kinh tế - Ngân sách đã kiến nghị UBND Thành phố chỉ đạo các cơ quan chuyên môn khẩn trương rà soát tất cả các cơ chế, chính sách của Trung ương, Thành phố, nhất là các cơ chế, chính sách HĐND Thành phố đã ban hành để đánh giá kết quả triển khai thực hiện, đề xuất điều chỉnh, bổ sung hoặc bãi bỏ cơ chế, chính sách không còn phù hợp. Xây dựng cơ chế, chính sách phát triển chuỗi giá trị sản phẩm nông nghiệp nằm trong tổng thể chính sách khuyến khích nông nghiệp theo hướng tập trung hỗ trợ theo phương thức gián tiếp, sau đầu tư như: Tiếp cận vốn vay, dành nguồn ngân sách hỗ trợ sau đầu tư; tiếp cận đất đai, cải cách thủ tục hành chính, kiến tạo khung pháp lý, chính sách, tháo gỡ khó khăn cho các doanh nghiệp, HTX, hộ gia đình sản xuất-kinh doanh nông sản... nhằm đạt mục tiêu tổng thể phát triển nông nghiệp Thủ đô bền vững, giá trị gia tăng cao, góp phần ổn định trật tự xã hội khu vực nông thôn trên địa bàn Thành phố...

Đối với Sở Nông nghiệp và PTNT, Ban Kinh tế - Ngân sách đề nghị khẩn trương rà soát, đánh giá tổng thể việc triển khai các cơ chế, chính sách của Trung ương và Thành phố đã ban hành, tham mưu cấp có thẩm quyền bãi bỏ chính sách không còn phù hợp, đề xuất bổ sung các cơ chế, chính sách mới phù hợp tình hình mới nhằm thúc đẩy sản xuất nông nghiệp nói chung, phát triển chuỗi giá trị nói riêng; Làm tốt công tác kiểm định sản phẩm sạch và công bố kết quả kiểm định công khai trên cổng thông tin cho người dân biết qua đó định hướng và hình thành thói quen tiêu dùng sản phẩm sạch, an toàn...