Theo quy định, Ban Nội chính Thành ủy là cơ quan tham mưu, giúp việc của Thành ủy mà trực tiếp, thường xuyên là Ban Thường vụ Thành ủy, Thường trực Thành ủy về công tác nội chính, cải cách tư pháp và phòng, chống tham nhũng. Là cơ quan chuyên môn, nghiệp vụ về công.tác nội chính đảng; cơ quan Thường trực Ban Chỉ đạo cải cách tư pháp và Ban Chỉ đạo phòng, chống tham nhũng của Thành ủy; tham mưu tiếp nhận, xử lý đơn thư.

Ban Nội chính Thành ủy gồm trưởng Ban và từ 2 đến 3 đồng chí Phó trưởng ban. Các đơn vị trực thuộc Ban Nội chính Thành ủy gồm 4 phòng: Phòng Tổng hợp, tiếp nhận và xử lý đơn thư; Phòng Theo dõi công tác phòng, chống tham nhũng; Phòng Theo dõi công tác các cơ quan nội chính và cải cách tư pháp; Phòng Theo dõi xử lý các vụ việc, vụ án.

Về mối quan hệ công tác với Thành ủy, Ban Thường vụ, Thường trực Thành ủy, các cơ quan tham mưu giúp việc ở Trung ương: Ban Nội chính Thành ủy Hà Nội chịu sự lãnh đạo và chỉ đạo về mọi mặt của Thành ủy, trực tiếp và thường xuyên là Ban Thường vụ và Thường trực Thành ủy; thực hiện chế độ báo cáo, xin ý kiến chỉ đạo và đề xuất các vấn đề thuộc trách nhiệm của lĩnh vực được phân công với Ban Thường vụ và Thường trực Thành ủy. Ban Nội chính Thành ủy Hà Nội định kỳ báo cáo công tác với các cơ quan tham mưu giúp việc của Ban Chấp hành Trung ương; Ban Nội chính Trung ương; chịu sự hướng dẫn, kiểm tra về chuyên môn, nghiệp vụ của các cơ quan tham mưu giúp việc của Ban Chấp hành Trung ương theo quy định.

Mối quan hệ với Thường trực HĐND, lãnh đạo UBND thành phố: Quan hệ giữa Ban Nội chính Thành ủy với Thường trực HĐND và Chủ tịch, các Phó Chủ tịch UBND thành phố là quan hệ phối hợp. Khi triển khai thực hiện nhiệm vụ tham mưu có gắn với công tác quản lý nhà nước, Ban Nội chính Thành ủy phối hợp với Thường trực HĐND và Chủ tịch, các Phó Chủ tịch UBND thành phố tạo điều kiện hỗ trợ để cùng hoàn thành nhiệm vụ được giao. Các kỳ họp HĐND và UBND thành phố bàn chủ trương, quyết định, kế hoạch có liên quan đến lĩnh vực công tác nội chính, cải cách tư pháp, phòng, chống tham nhũng, tiếp nhận, xử lý đơn thư, Ban Nội chính Thành ủy được tham dự, tham gia ý kiến. Những nội dung cần thiết, lãnh đạo Ban làm việc trực tiếp với Thường trực HĐND và Chủ tịch, các Phó Chủ tịch UBND thành phố để phối hợp thực hiện nhiệm vụ theo quy định và theo phân cấp.

Với Ủy ban Mặt trận Tổ quốc và các đoàn thể chính trị - xã hội thành phố: Quan hệ giữa Ban Nội chính Thành ủy với Mặt trận Tổ quốc và các đoàn thể chính trị - xã hội thành phố là quan hệ phối hợp và chỉ đạo. Trong phạm vi lĩnh vực công tác nội chính, cải cách tư pháp, phòng, chống tham nhũng, tiếp nhận, xử lý đơn thư Ban Nội chính Thành ủy chủ trì, phối hợp với Mặt trận Tổ quốc và chỉ đạo các đoàn thể chính trị - xã hội triển khai thực hiện các chỉ thị, nghị quyết, quyết định, quy định, quy chế của Trung ương, Thành ủy. Phối hợp nghiên cứu, hướng dẫn triển khai các chỉ thị, nghị quyết, quyết định, quy định, quy chế và kiểm tra theo chức năng, nhiệm vụ được Thành ủy giao.

Với ban cán sự đảng, đảng đoàn, các sở, ban, ngành thành phố: Đối với ban cán sự đảng, đảng đoàn, các sở, ban, ngành của thành phố là mối quan hệ phối hợp và chỉ đạo về công tác tổ chức cán bộ theo phân công và phân cấp. Các sở, ban, ngành, cung cấp thông tin, báo cáo định kỳ về Ban Nội chính Thành ủy những vấn đề liên quan đến công tác nội chính, cải cách tư pháp, phòng, chống tham nhũng, tiếp nhận, xử lý đơn thư phân công và phân cấp về quản lý cán bộ.

Với cấp ủy và các ban tham mưu giúp việc của cấp ủy cấp dưới: Quan hệ giữa Ban Nội chính Thành ủy với cấp ủy trực thuộc Thành ủy là quan hệ phối hợp, trao đổi hướng dẫn trong việc thực hiện về công tác tổ chức xây dựng Đảng và công tác cán bộ theo phân cấp. Quan hệ giữa Ban Nội chính Thành ủy với các cơ quan tham mưu giúp việc cấp ủy trực thuộc Thành ủy là quan hệ hướng dẫn, kiểm tra trong phạm vi nhiệm vụ, quyền hạn được phân công về chuyên môn, nghiệp vụ; đào tạo, bồi dưỡng cán bộ làm công tác nội chính, cải cách tư pháp, phòng, chống tham nhũng, tiếp nhận, xử lý đơn thư.