Theo đó, Ban Quản lý và Dịch vụ thủy lợi Hà Nội là đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Sở NN&PTNT, phục vụ quản lý nhà nước, do ngân sách nhà nước đảm bảo chi thường xuyên, có tư cách pháp nhân, có con dấu và tài khoản riêng theo quy định của pháp luật; chịu sự chỉ đạo, quản lý của Sở NN&PTNT theo quy định của pháp luật. Ban Quản lý và Dịch vụ thủy lợi Hà Nội có chức năng thực hiện các nhiệm vụ được Sở NN&PTNT, UBND thành phố Hà Nội giao về quản lý công tác dịch vụ thủy lợi trên địa bàn thành phố Hà Nội và duy tu, bảo dưỡng, vận hành an toàn các công trình phân lũ; chấp hành phương án phân lũ (chuyến lũ) từ sông Hồng vào sông Đáy khi có lệnh của cấp có thẩm quyền.
Ban Quản lý và Dịch vụ thủy lợi có nhiệm vụ xây dựng kế hoạch đặt hàng (đấu thầu) dịch vụ thuỷ lợi trên địa bàn thành phố Hà Nội hàng năm, trình UBND Thành phố phê duyệt; Lập hồ sơ yêu cầu đặt hàng (đấu thầu) dịch vụ thủy lợi; giúp Giám đốc Sở NN&PTNT chủ trì đánh giá hồ sơ đề xuất, trình UBND thành phố phê duyệt phương án, dự toán và sản phẩm dịch vụ công ích; Thương thảo, hoàn thiện hợp đồng và ký kết hợp đồng cung cấp dịch vụ thủy lợi trên địa bàn thành phố; Quản lý thực hiện hợp đồng; Nghiệm thu, thanh toán hợp đồng theo quy định hiện hành; Tổ chức quản lý, vận hành và bảo vệ an toàn hệ thống cụm công trình đầu mối phân lũ sông Đáy, gồm Đập Đáy, cống Vân Cốc, cống Hiệp Thuận, cống Cẩm Đình và kênh dẫn cẩm Đình - Hiệp Thuận đảm bảo đúng theo Quy trình vận hành cụm công trình đầu mối phân lũ sông Đáy ban hành kèm theo Quyết định số 2140/QĐ-UBND, ngày 04/5/2016, của UBND Thành phố. Trong quá trình quản lý, vận hành, tổ chức theo dõi và ký hợp đồng thu thập tài liệu thủy văn, thủy lực, điện, cơ khí để kịp thời phục vụ sự chỉ đạo của cấp trên, phục vụ việc nghiên cứu khoa học kỹ thuật và công tác quản lý lâu dài; Tổ chức thực hiện công tác duy tu, bảo dưỡng, sửa chữa và tu bổ, nạo vét cụm công trình đầu mối phân lũ sông Đáy hàng năm, bảo đảm chống xuống cấp công trình…
Về mặt tổ chức, Ban có Giám đốc và không quá 03 Phó Giám đốc. Biên chế của Ban Quản lý và Dịch vụ thủy lợi Hà Nội do UBND Thành phố giao hàng năm trong tổng số biên chế của Sở NN&PTNT. Trước mắt, gồm 80 biên chế viên chức, 18 lao động hợp đồng theo Nghị định số 68/2000/NĐ-CP của Chính phủ.
Ban Quản lý và Dịch vụ thủy lợi Hà Nội thực hiện cơ chế tự chủ của đơn vị sự nghiệp công lập theo quy định tại Nghị định số 16/2015/NĐ-CP, ngày 14/02/2015, của Chính phủ quy định cơ chế tự chủ của đơn vị sự nghiệp công lập và Nghị định số 141/2016/NĐ-CP, ngày 10/10/2016, của Chính phủ quy định cơ chế tự chủ của đơn vị sự nghiệp công lập trong lĩnh vực sự nghiệp kinh tế và sự nghiệp khác.