Theo đó, Ban Quản lý đường sắt đô thị Hà Nội là đơn vị sự nghiệp công lập, trực thuộc UBND thành phố Hà Nội quản lý, có tư cách pháp nhân đầy đủ, được sử dụng con dấu riêng, được mở tài khoản tại Kho bạc Nhà nước và Ngân hàng theo quy định; hoạt động theo nguyên tắc tự đảm bảo kinh phí hoạt động thường xuyên từ các nguồn kinh phí theo quy định của pháp luật;

Ban Quản lý đường sắt đô thị Hà Nội có chức năng giúp UBND Thành phố lập và quản lý quy hoạch các tuyến đường sắt đô thị của Thành phố trên cơ sở quy hoạch giao thông vận tải được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt; nghiên cứu, đề xuất hình thức đầu tư phù hợp cho từng tuyến. Triển khai thực hiện dự án đường sắt đô thị đúng quy trình, thủ tục theo quy định của pháp luật, đảm bảo tiến độ, chất lượng và hiệu quả của dự án; Thực hiện chức năng là chủ đầu tư các tuyến đường sắt đô thị do thành phố Hà Nội giao theo quy định hiện hành của pháp luật.

Cơ cấu tổ chức của Ban Quản lý gồm Lãnh đạo Ban (Trưởng Ban và không quá 04 Phó Trưởng Ban), các tổ chức tham mưu tổng hợp và chuyên môn nghiệp vụ, gồm: Văn phòng; Phòng Kế hoạch và chuẩn bị đầu tư; Phòng Kỹ thuật-Thẩm định; Phòng Tài chính-Kế toán; Phòng Thực hiện dự án 1: Thực hiện dự án Tuyến đường sắt đô thị thí điểm Thành phố Hà Nội, đoạn Nhổn - Ga Hà Nội (gọi tắt là Phòng DA1); Phòng Thực hiện dự án 2: Thực hiện dự án Tuyến đường sắt đô thị số 2, đoạn Nam Thăng Long - Trần Hưng Đạo (gọi tắt Phòng DA2).

Biên chế và số lượng người làm việc của Ban Quản lý đường sắt đô thị Hà Nội được xác định trên cơ sở Đề án vị trí việc làm và cơ cấu viên chức theo chức danh nghề nghiệp được phê duyệt nằm trong tổng biên chế hành chính, sự nghiệp của Thành phố được cấp có thẩm quyền giao hàng năm. Trước mắt, để đảm bảo ổn định tổ chức, UBND Thành phố giao số biên chế bằng tổng số biên chế đã giao năm 2017 là 129 người cho Ban Quản lý đường sắt đô thị Hà Nội; trường hợp đơn vị được giao thêm nhiệm vụ, có trách nhiệm báo cáo UBND Thành phố (thông qua Sở Nội vụ) để bổ sung biên chế theo quy định.