Qua rà soát, trên địa bàn thành phố có 1.717 hợp tác xã (HTX) và Quỹ tín dụng nhân dân (TDND), trong đó có 1.550 HTX, Quỹ TDND đang hoạt động gồm: 907 HTX nông nghiệp, chiếm 58,5 %; 212 HTX công nghiệp, tiểu thủ công nghiệp, chiếm 13,7%; 237 HTX thương mại - dịch vụ, chiếm 15,3%; 59 HTX vận tải, chiếm 3,8%; 6 HTX xây dựng, chiếm 0,4%; 31 HTX loại hình khác (y tế, trường học, vệ sinh môi trưòng, khách sạn...), chiếm 2,0%; 98 Quỹ TDND, chiếm 6,3%.

Trong giai đoạn 2014-2017, thành phố đã thành lập mới được 161 HTX (116 HTX thuộc lĩnh vực nông nghiệp, 45 HTX thuộc lĩnh vực phi nông nghiệp). Các HTX thành lập mới thực hiện đúng quy định của Luật HTX năm 2012.

Ngoài ra, thành phố có 2 liên hiệp HTX (Liên hiệp HTX sản xuất và tiêu thụ nông sản thực phẩm an toàn Hà Nội, Liên hiệp HTX Hoa Phong - Sông Hồng) mới được thành lập theo Luật HTX năm 2012. Các Liên hiệp HTX hoạt động còn khó khăn do mới thành lập nhưng cũng từng bước đi vào hoạt động dần ổn định.

Về tổ hợp tác, toàn thành phố có 242 tổ hợp tác có đăng ký chứng thực với UBND xã theo Nghị định 151/2007/NĐ-CP của Chính phủ với 740 tổ viên tham gia sản xuất kinh doanh. Các tổ hợp tác chủ yếu hoạt động trong lĩnh vực nông nghiệp, nuôi trồng thủy sản, tiểu thủ công nghiệp, hình thành xuất phát từ nhu cầu phát triển kinh tế hộ và điều kiện kinh tế xã hội ở môi địa phương. Tổ chức, quy mô và nội dung hoạt động đa dạng, số lượng tổ viên Tổ hợp tác mới thành lập có từ 3 đến 5 thành viên. Việc thành lập các Tổ hợp tác đã đáp ứng và khắc phục được khó khăn của kinh tế hộ như thiếu vốn, công cụ, kỹ thuật, kinh nghiệm sản xuất, sức cạnh tranh trên thị trường.

Tuy vậy, theo Liên minh Hợp tác xã thành phố, việc giải thể, xoá tên HTX của các quận, huyện còn gặp nhiều khó khăn do công tác đối chiếu xác định nợ, chứng từ sổ sách của HTX không rõ ràng, tồn đọng về công nợ, tài sản của HTX nhiều năm chưa được giải quyết... Từ năm 2014 đến nay, trên địa bàn thành phố đã giải thể, xóa tên được 143 HTX theo quy định thuộc quận, huyện: Hoàn Kiếm, Hai Bà Trưng, Hoàng Mai, Long Biên, Nam Từ Liêm, Sóc Sơn, Mỹ Đức, Sơn Tây, Đông Anh, Chương Mỹ, Ứng Hòa....

Theo đánh giá, phân loại HTX của 1.426 HTX, trên địa bàn thành phố có 746 HTX xếp loạt tốt và khá (242 HTX loại tốt, chiếm 17%; 506 HTX loại khá, chiếm 35%); ngoài ra có  544 HTX trung bình, chiếm 38,1%; 134 HTX loại yếu, chiếm 9,4%.