Theo đó, huyện đặt mục tiêu thực hiện: đối với chất thải rắn, tỷ lệ rác thải sinh hoạt được thu gom, xử lý khu vực đô thị đạt 100%; khu vực nông thôn đạt trên 95%. Phấn đấu giảm tỷ lệ chôn lấp rác thải còn 30%, tăng tỷ lệ rác thải được tái chế theo công nghệ tiên tiến hiện đại, phấn đấu thu gom 100%; xử lý 80% chất thải rắn công nghiệp, trong đó 100% chất thải rắn công nghiệp nguy hại và chất thải y tế phải được thu gom, xử lý; 100% phế thải xây dựng phải được thu gom tập kết đúng nơi quy định; 100% số hộ dân có các công trình vệ sinh đạt tiêu chuẩn; 100% các bệnh viện có hệ thống xử lý nước thải đạt tiêu chuẩn môi trường.

Đối với môi trường làng nghề, quy hoạch, xây dựng một số Cụm công nghiệp, giải quyết mặt bằng để di chuyển các cơ sở sản xuất kinh doanh gây ô nhiễm lớn tại các làng nghề ra khu sản xuất tập trung. Xây dựng Trạm xử lý nước thải tại làng nghề có nguồn xả thải nước gây ô nhiễm môi trường nghiêm trọng. Chỉ đạo phải xây dựng hệ thống xử lý nước thải đối với các hộ làng nghề hoạt động sản xuất có nguồn xả thải.

Để thực hiện tốt mục tiêu trên, huyện Phú Xuyên đã đề ra nhiều giải pháp thực hiện, trong đó, thực hiện có hiệu quả Chương trình mục tiêu quốc gia về nước sạch và vệ sinh môi trường nông thôn; Thường xuyên kiểm tra, giám sát hoạt động vận hành các công trình xử lý nước thải tại các cụm, điểm công nghiệp, bệnh viện; đảm bảo chất lượng nước thải sau xử lý phải đạt quy chuẩn quốc gia trước khi xả ra môi trường. Chủ động phối hợp với các cơ quan liên quan thực hiện các giải pháp để giảm thiểu ô nhiễm môi trường các con sông; cải tạo, xử lý ô nhiễm, phục hồi môi trường các hồ, ao, kênh, mương; Tập trung xử lý triệt để các điểm ô nhiễm môi trường, do hóa chất bảo vệ thực vật tồn lưu trên địa bàn...