Trước hết, đó là việc giao một số chỉ tiêu KTXH và dự toán ngân sách cho các quận, huyện, thị xã chưa sát với khả năng và thực tế thực hiện, như chỉ tiêu số xã đạt chuẩn nông thôn mới tăng thêm, các huyện giao tăng 24 xã so với Thành phố giao (46/22 xã), Số trường đạt chuẩn quốc gia tăng thêm, các quận huyện giao tăng 24 trường so với TP giao (97/73 trường)... Nguyên nhân chính là do công tác phân tích, dự báo của các cơ quan chuyên môn của Thành phố chưa tốt; chưa phối hợp chặt chẽ giữa các ngành để chia sẻ cơ sở dữ liệu, nhất là các khoản thu từ đất.

Ngoài ra, tái cơ cấu nông nghiệp vẫn chưa thật sự chuyển biến rõ nét, thu hút doanh nghiệp đầu tư vào nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao còn hạn chế. Sản xuất nông nghiệp vẫn manh mún, khó khăn trong xây dựng chuỗi liên kết nhất là khâu chế biến, tiêu thụ. Một số chính sách khuyến khích phát triển sản xuất nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao của HĐNĐ Thành phố triển khai chậm, UBND Thành phố mới ban hành quyết định hướng dẫn, triển khai gần đây.

Công tác quản lý trật tự đô thị đã được tăng cường chỉ đạo, nhìn chung có chuyển biến, tuy nhiên, tình trạng tái lấn chiếm vỉa hè còn nhiều, chưa được xử lý triệt để; vi phạm trật tự xây dựng, lấn chiếm đất công, đất nông nghiệp, vi phạm khai thác cát... còn khá phổ biến, việc xử lý 240 vụ việc tồn đọng vi phạm trật tự xây dựng có nơi chưa triệt để. Còn 32 điểm ùn tắc giao thông nhất là giờ cao điểm. Tình trạng xả rác không đúng nơi và thời gian quy định còn khá phổ biến, có sự đùn đẩy trách nhiệm trong duy trì vệ sinh môi trường giữa cấp huyện với cơ quan Thành phố. Tình trạng cháy, nổ vẫn diễn biến phức tạp, thiệt hại lớn về người, tài sản. Nguyên nhân chính vẫn là công tác tuyên truyền hiệu quả chưa cao, ý thức trách nhiệm của một bộ phận hộ gia đình, người dân còn kém; sự chỉ đạo của chính quyền các cấp, nhất là cấp cơ sở trong công tác quản lý trật tự xây dựng thiếu sát sao, thực hiện các chế tài chưa quyết liệt, một số trường hợp còn buông lỏng.

Công tác phòng, chống dịch bệnh sốt xuất huyết còn chủ quan, chậm tham mưu xử lý kịp thời gây diễn biến phức tạp, số lượng thiệt hại về người lớn nhất cả nước. Vệ sinh an toàn thực phẩm, VSMT trên địa bàn Thành phố mặc dù đã nhiều cố gắng, song vẫn còn chưa quyết liệt, việc xử lý các cơ sở vi phạm chưa triệt để. Nợ đọng bảo hiểm xã hội, bảo hiểm y tế, bảo hiểm thất nghiệp của các doanh nghiệp đối với người lao động ở mức cao so với cả nước.

Kỷ cương, kỷ luật được tăng cường, công tác CCHC tuy chuyển biến rõ nét, song dư luận xã hội vẫn còn phàn nàn có nơi, có lúc gây khó dễ cho người dân, doanh nghiệp, nhất là thái độ ứng xử chưa đạt chuẩn văn hóa, văn minh của cán bộ công chức tại cấp cơ sở trực tiếp với người dân gây bức xúc trong dư luận. Còn hiện tượng sử dụng lao động hợp đồng làm nhiệm vụ chuyên môn ở một số đơn vị quản lý nhà nước; chậm thực hiện một số nhiệm vụ được giao trong Nghị quyết của HĐND Thành phố về biên chế đơn vị sự nghiệp.

Ngoài ra, vẫn còn nợ XDCB tại một số huyện; việc rà soát, bố trí vốn trả nợ XDCB thuộc trách nhiệm của Thành phố chưa thực hiện đúng yêu cầu của HĐND Thành phố (phải bố trí dự toán ngay từ đầu năm). Giải ngân vốn đầu tư công thấp, chưa đáp ứng yêu cầu. Đến 15/9/2017, giải ngân vốn XDCB chung toàn Thành phố đạt 45,7% KH (giải ngân vốn XDCB tập trung cấp Thành phố mới đạt 38,4%). Công tác thanh quyết toán của nhiều dự án còn chậm, gặp nhiều khó khăn, nhất là đối với khối 5 ban dự án chuyên ngành Thành phố mới sắp xếp lại. Đến nay, vẫn còn 38/117 dự án và nhóm dự án thuộc danh mục các dự án khởi công mới giai đoạn 2017-2020 đã được HĐND TP quyết nghị nhưng chưa được phê duyệt chủ trương đầu tư. Một số chương trình, đề án đã được bố trí nguồn kinh phí song chậm triển khai, phê duyệt; một số sở chuyên ngành chưa kịp thời hoàn thiện hồ sơ đặt hàng theo quy định đối với các khoản chi thực hiện cung cấp dịch vụ công ích đô thị làm ảnh hưởng đến kết quả thực hiện dự toán chi ngân sách; một số dự án đầu tư công có khó khăn, vướng mắc chậm được tham mưu giải quyết... dẫn đến phải điều chỉnh giảm dự toán.

Mặc dù thu ngân sách trên địa bàn dự kiến vượt dự toán, song có 05 khoản thu dự kiến không hoàn thành, trong đó, có khoản thu ngân sách khu vực DNNN Trung ương chiếm tỷ trọng lớn. Nợ đọng thuế, phí dù có giảm so với năm trước song vẫn còn lớn. Hiệu quả hoạt động của một số quỹ tài chính còn hạn chế, tiến độ giải ngân chậm, trong đó một số quỹ chưa giải ngân.

Công tác hậu kiểm doanh nghiệp sau cấp GCN ĐKKD còn gặp nhiều khó khăn, khó quản lý đối với các doanh nghiệp bỏ trốn khỏi địa chỉ kinh doanh. Công tác thanh tra, kiểm tra, giám sát các dự án sau khi cấp GCN ĐT, quyết định đầu tư, giao đất... chưa thực sự được chú trọng quan tâm để kịp thời chấn chỉnh, tham mưu thu hồi dự án chậm triển khai do nguyên nhân chủ quan của nhà đầu tư. Theo báo cáo kết luận của cơ quan thanh tra, Kiểm toán nhà nước thời gian qua Hà Nội còn có sai phạm trong quản lý đô thị, quản lý đầu tư xây dựng, quản lý đất đai và quản lý tài chính về đất đai.

Công tác rà soát, tham mưu Thành phố tổ chức thực hiện một số nội dung phân cấp lĩnh vực thủy lợi, duy trì VSMT, cắt tỉa cây xanh... hoặc đấu thầu mua sắm tập trung còn chậm, chưa đảm bảo tính kịp thời, có ảnh hưởng đến kết quả thực hiện nhiệm vụ. Một số lĩnh vực vẫn chưa hoàn thành rà soát, lập danh mục và hoàn thành bàn giao trên thực tế (quản lý công viên, vườn hoa; quản lý nước sạch nông thôn; quản lý hạ tầng CNTT dùng chung; quản lý một số công trình hạ tầng xử lý rác thải, nước thải; quản lý một số lĩnh vực lao động thương binh - xã hội). Nguyên nhân chính do một số cơ quan tham mưu được giao nhiệm vụ triển khai thực hiện phân cấp chưa tập trung, quyết liệt thực hiện, chậm rà soát, hướng dẫn theo thẩm quyền hoặc tổng hợp, báo cáo Thành phố giải quyết khi có phản ánh vướng mắc từ các quận, huyện.

Cũng theo giám sát của Thường trực HĐND TP cho thấy, việc triển khai mua sắm tài sản nhà nước theo phương thức tập trung còn bất cập, mặc dù Sở Tài chính đã tham mưu tăng tần suất đấu thầu từ 01 lần/năm lên 02 lần/năm song vẫn chưa đáp ứng được yêu cầu kịp thời của các đơn vị thụ hưởng, đặc biệt là đối với các gói thầu mua sắm bàn ghế trường học, máy tính, điều hòa nhiệt độ với công suất, cấu hình nhiều chủng loại khác nhau... hoặc trang thiết bị y tế bệnh viện làm chậm tiến độ các gói thầu có liên quan do phải đảm bảo yêu cầu đồng bộ trong thi công, làm ảnh hưởng đến tiến độ thực hiện cũng như giải ngân kế hoạch vốn của dự án theo kế hoạch đề ra (ví dụ dự án Bệnh viện Thanh Nhàn giai đoạn 2 do phải chờ mua sắm tập trung với gói thiết bị dẫn khí chuyên dụng ngành y tế, trong khi hệ thống này đi ngầm trong tường nên hạng mục xây lắp không thể hoàn thiện trước mà phải chờ trong nhiều tháng).